1.糞便檢查
包括外觀、鏡檢與培養等。鏡檢注意有無紅細胞、白細胞、蟲卵、原蟲等，蘇丹Ⅲ染色可檢查有無脂肪滴。糞便的真菌檢查、菌譜分析都有助于腹瀉的病因學診斷。
2.顯微鏡下檢查糞便脂肪
（1）將少量糞便放玻片上與蘇丹Ⅲ飽和溶液1～2滴混勻鏡檢，可見中性脂肪呈朱紅色圓形油滴狀；游離脂肪酸呈深黃紅色束狀針形、或短細的彎針形結晶；而結合脂肪酸不著色，呈堆狀針形或排列成扇狀。
（2）取生理鹽水和猩紅染料的飽和酒精溶液各一滴，加糞便少許在玻片上混勻，覆以蓋玻片鏡檢。可見圓泡形中性脂肪和晶狀的脂肪酸。如標本1/4以上染成紅色，為試驗強陽性（十十十或十十十十），為重性脂肪瀉。
3.糞脂定量測定
一般采用Vandekamer測定法，試驗方法：連續進食標準式餐（含脂肪60～100g/天）3天，同時測定其糞脂量3天。取其每日平均值，如糞脂量>6g每天，或脂肪吸收率<95%，均可認為有脂肪吸收不良。
4.吸收功能檢查
D-木糖吸收試驗、維生素B12吸收試驗、胰功能試驗等。
5.其他輔助檢查
血常規、血沉、電解質、尿素氮、二氧化碳結合力等。如懷疑為胃源性腹瀉，應進行胃液分析。對疑為甲狀腺功能亢進患者，可做相關檢查如基礎代謝率、甲狀腺吸碘率等。胰腺功能試驗、影像學檢查及內鏡檢查可協助診斷引起脂肪瀉的胰腺及胃腸道的原發疾病。