當手術切除腦內皮樣囊腫后，沒有達到預期的目的或病情迅速惡化者，應考慮表皮樣囊腫惡性變。術后CT掃描示腫瘤部位出現腫瘤強化，亦應考慮惡性變的可能，應及時手術切除，術后放療。
1、無菌性腦膜炎和腦室炎 是表皮樣囊腫的最常見的術后并發癥，主要是由于瘤內容物進入蛛網膜下腔或腦室內刺激腦組織引起，其發生率為10%～40%多數病人在術后1～2周內發生。早期手術和采取顯微手術行腫瘤全切除術是預防本并發癥的根本措施，一旦發生可采用大劑量激素及抗生素，并及時腰穿放液或腰穿置管行腦脊液持續引流。多數病人經上述治療可在術后1～4周內恢復正常。
2、腦積水 發生率較低，主要因反復腦膜炎或腦室炎所致，可采取對癥治療炎癥控制后可考慮行分流術。
3、慢性肉芽腫性蛛網膜炎 這是由于囊內容物反復排入蛛網膜下腔，刺激蛛網膜形成慢性肉芽腫可給予大劑量激素等對癥治療。
4、繼發性腦神經功能障礙 囊內容物反復溢到顱內，引起腦神經周圍纖維化，因此，壓迫神經而導致神經功能障礙
5、惡性變 表皮樣囊腫囊壁為典型的復層鱗狀上皮，在一定條件下可發生惡性變，成為鱗狀上皮癌，多次手術后反復復發可發生癌變，尤其是腦橋小腦角表皮樣囊腫。
當手術切除表皮樣囊腫后，沒有達到預期的目的或病情迅速惡化者，應考慮表皮樣囊腫惡性變。術后CT掃描示腫瘤部位出現腫瘤強化，亦應考慮惡性變的可能，應及時手術切除，術后放療。