假如你問一個研究人員選擇芯片掃描儀的時候，主要考慮什么性能?他們很可能回答說：“速度和分辨率”，因此不用感到奇怪生產廠商會在這些關鍵性能上下大功夫。從以下列出來的芯片掃描儀產品就可以看出，在掃描芯片的速度和分辨率性能方面總是會出現一山還比一山高的情況。
然而對于許多研究人員來說，處理能力和易操作性漸漸也成為了挑選芯片掃描儀時的選擇條件了，常見的的芯片掃描儀系統中，就可以看到帶有small footprint單芯片處理的掃描儀，這對于哪些需要調整單芯片或者雙芯片的研究人員來說非常方便，與此相反的另一個方面就是可以同時處理48芯片的掃描儀。
芯片掃描儀的易操作性很大程度上是通過軟件實現的，尤其是需要檢查網格性能的時候，沒有什么比手動檢查組成微陣列芯片中成千上萬的spots是否處于網格的正確位置更讓人感到挫敗感和耗時的事情了。