低密度蛋白質芯片的探針包括特定的抗原、抗體、酶、吸水或疏水物質、結合某些陽離子或陰離子的化學集團、受體和免疫復合物等具有生物活性的蛋白質。制備時常常采用直接點樣法，以避免蛋白質的空間結構改變。保持它和樣品的特異性結合能力。
高密度蛋白質芯片一般為基因表達產物，如一個cDNA文庫所產生的幾乎所有蛋白質均排：列在一個載體表面 ，其芯池數目高達1600個/cm2，呈微距陣排列，點樣時須用機械手進行，可同時檢測數千個樣品。
