BD的主要病理特點是非特異性血管炎（包括不同大小的靜脈、動脈和毛細血管）。在血管周圍有中性多形核細胞、淋巴細胞、單核細胞的浸潤，內皮細胞腫脹，嚴重者管壁彈力層破壞，纖維素樣壞死和免疫復合物在管壁沉積。炎癥可累及血管壁全層，形成局限性狹窄和（或）動脈瘤，兩種病變可在同一患者同時交替出現。
貝切特病的另一特點是在不同類型和大小的血管炎基礎上形成由血小板、白細胞黏附于管壁內皮細胞的血栓，使得血管腔狹窄，組織因缺氧而變性和功能下降。
