鑒別診斷
與粟粒性結核、惡性組織細胞病、系統性紅斑狼瘡、深部淋巴瘤、變應性亞敗血癥、布魯菌病、傷寒、流行性出血熱、惡性瘧疾、粉絲病等鑒別。容易誤診的疾病：
1.顱內出血、窒息
敗血癥有呼吸暫停、震顫、抽搐、前囟凸出、表示有神經系統侵犯時，尤其是初生1周內患兒，應與顱內出血、窒息等鑒別。后者發病早，多在生后1、2天內起病，有產傷史。有神經系統先天畸形并發腦膜炎時，也應與敗血癥鑒別。
2.呼吸道疾病
敗血癥早期癥狀可有呼吸困難、急促、發紺等，應與氣胸、肺炎、未成熟兒原發性呼吸窘迫綜合征、肺膨脹不全等鑒別，必要時可攝胸部X線片以協助診斷。
3.消化道疾病
腹脹、嘔吐、大便次數多或減少，是腸道原發病的表現，也可在敗血癥時出現，應分析各癥狀的發展和因果關系。對腸菌類引起的敗血癥應提高警惕。
4.血液病
新生兒溶血病、紅細胞酶的缺乏也可表現黃疸、貧血、呼吸急促和呼吸困難等，但嚴重的溶血性貧血并無感染征，可與敗血癥引起的高膽紅素血癥鑒別。新生兒出血癥須與敗血癥并發出血者鑒別，前者無感染灶，輸血和維生素K治療可獲痊愈。特發性血小板減少性紫癜和先天性白血病應與敗血癥鑒別，可由血常規檢查協助診斷。