超濾技術可用于藥物的分離精制、除熱原、滅菌等，尤其是在抗生素及維生素的分離提取方面。有學者提出的超濾/萃取法從根本上解決了抗生素萃取過程的乳化問題，提高了萃取收率和產品質量。
目前（2018年），生產過程中常利用活性炭吸附去除人參皂苷注射液制備過程中熱原，該方法具有總皂苷損失量大、生產成本高等缺點。而采用超濾法去除人參皂苷注射液制備過程中熱原，即可有效去除熱原，又可減少人參總皂苷的損失，具有簡便、可靠、效果好等優點。利用超濾技術去除狂犬病疫苗生產過程中產生的細菌內毒素，抗原損失較少，并且富集了樣品，能夠滿足疫苗生產的要求。