等電聚焦電泳色譜儀載體兩性電解質pH梯度的介質是兩性分子，在電場中遷移到自己的等電點后自然形成pH梯度。
蛋白質的等電點取決于其氨基酸的組成。組成每一種蛋白質或多肽的氨基酸的數目和比例不同，蛋白質的等電點范圍很寬。在電泳儀中加入載體兩性電解質，通直流電時，載體兩性電解質即形成一個由陽極到陰極逐步升高的pH梯度。蛋白質進入時，不同的蛋白質移動到與其等電點相當的pH位置上，從而使不同等電點的蛋白質得以分離。
分離對象只限于蛋白質和其它兩性分子。
