熒光儀的種類，目前常用的葉綠素熒光儀有兩種，脈沖調制式的和連續激發式的。脈沖調制式的可以在有環境光為背景的情況下使用，連續激發式的不可以。但是連續激發式的時間分辨率比脈沖調制式的高。脈沖調制式的葉綠素熒光儀通常用來測量淬滅分析，快速光曲線等。連續激發式的通常用來做快相分析。
暗適應，為了更好的對葉綠素熒光測量進行合理的解釋，如何定義光合機構在測量開始時的狀態非常重要。所以，在大多數實驗中，無論脈沖調制式還是連續激發式葉綠素熒光儀，測量前一般需要首先進行暗適應。葉片的暗適應狀態是光合機構的基本狀態。暗適應的方式有很多種，整株植物置于暗室，單個葉片放入暗適應夾，夜間測量。暗適應的時間長短取決于我們希望從葉綠素熒光中得到什么信息。例如，大田作物葉片光合能力評價，暗適應時間一般只需要30分鐘。而實驗室內擬南芥葉片跨膜質子梯度ΔpH的測量則需要幾個小時甚至更長。