按照作用的底物的種類進行分類：
（1）羧酸酯，例如脂酶，膽堿酯酶；
（2）硫酯；
（3）磷酸單酯，磷酸單酯酶，例如堿性磷酸酶；
（4）磷酸二酯，磷酸二酯酶，例如核酸酶，磷脂酶；
（5）硫磷酸酯；
（6）硫酸酯，硫酸酯酶。（數字為酶編號的第三位數字）。
