按化學組成不同,可分為單純蛋白酶和結合蛋白酶兩大類。單純蛋白酶類分子僅含氨基酸;而結合蛋白 酶類分子中除蛋白質(成為酶蛋白)外,還含有非蛋白質部分,后者常稱為“輔助因子”,蛋白質部分稱 “酶蛋白”,兩者合并城“全酶”,全酶才具有催化活性。
輔助因子可以是金屬離子,也可以是小分子有機化合物,后者根據其與酶蛋白結合緊密程度不同,又可分為輔酶與輔基兩種。輔酶是指與酶蛋白以非共價結合的小分子有機物,因為結合疏松,故可用透析法分離兩者,這是結合酶類中最多見的。輔基是指與酶蛋白結合較緊(一般為共價結合)的小分子有機化合物,故用透析方法不能使兩者分離。輔酶(基)中往往含有B族維生素。
結合酶中,酶催化作用的專一性由酶蛋白部分決定;輔基輔酶的作用是在反應中起傳遞基團、原子和電子的作用。金屬離子的作用是:有的是穩定酶蛋白分子的構象所必需,有的是組成酶的活性中心;有的是在 酶與底物之間起橋梁作用,亦有的是中和陰離子,降低反應中的靜電斥力。