酶的化學本質是蛋白質(protein)或RNA(Ribonucleic Acid)，因此它也具有一級、二級、三級，乃至四級結構。
按其分子組成的不同，可分為單純酶和結合酶。僅含有蛋白質的稱為單純酶;
結合酶則由酶蛋白和輔助因子組成。例如，大多數水解酶單純由蛋白質組成;黃素單核苷酸酶則由酶蛋白和輔助因子組成。結合酶中的酶蛋白為蛋白質部分，輔助因子為非蛋白質部分，只有兩者結合成全酶才具有催化活性。
酶具有不同于一般催化劑的顯著特點:酶對底物具有高度特異性，高度催化效率。酶具有可調節性及不穩定性。
