本菌對化學藥物的抵抗力比一般革蘭氏陰性菌強大。1：2000的洗必泰，度米芬和新潔爾滅，1：5000的消毒凈在5分鐘內均可將其殺死。0.5-1%醋酸也可迅速使其死亡，有些菌株對磺胺,鏈霉素,氯霉素敏感，但極易產生耐藥性。青霉素對此菌無效，但慶大霉素和多粘菌素B、E，氨基甙類、第三和第四代頭孢菌素（頭孢哌酮、頭孢他啶、頭孢匹羅、頭孢唑南等，后兩種為三線抗菌藥物，應慎用）等抗生素對銅綠假單胞菌作用較明顯，一些半合成的青霉素類抗生素，比如阿洛西林和哌拉西林（一般加用β-內酰胺酶抑制劑，如哌拉西林鈉舒巴坦鈉）對綠膿桿菌也有很強的抗菌作用，其有效率約為80%。磷霉素對其也有效，但效果不如以上的抗生素。聯合用藥可減少耐藥菌株的產生。
及時隔離治療患者，同時提高醫院內的消毒水平以及癥療操作的規范和安全，能夠切實降低銅綠假單胞菌的院內感染水平。
對銅綠假單胞菌作用較強的抗菌藥物有半合成青霉素，如：阿洛西林和哌拉西林，其中以哌拉西林為最常用。第三代頭孢菌素中以頭孢他啶、頭孢哌酮的作用較強。其他β-內酰胺類藥物中亞胺培南及氨曲南；氨基糖苷類如：慶大霉素、妥布霉素、阿米卡星和異帕米星；氟喹酮類如：左氧氟沙星、環丙沙星及氟羅沙星等。
懷疑該菌引起感染時的經驗治療建議使用“頭孢他啶”、“阿米卡星”或者“環丙沙星”，盡量避免使用廣譜抗菌藥物。 [2]
對全身性感染或粒細胞缺乏的病人，應該用一種對銅綠假單胞菌有效的氨基糖苷與一種抗假單胞菌青霉素合用。對嗜中性白細胞減少并且腎功能處于邊緣狀態的病人，可用非氨基糖苷類聯合療法，例如雙重β-內酰胺或β-內酰胺加一種氟喹諾酮，也是安全的。尿路感染常可用羧茚芐青霉素或環丙沙星或其他氟喹諾酮類藥物治療。但氟喹諾酮類不應該用于兒童，因為該藥對軟骨有不良作用。兩種抗假單胞菌藥物合用時，在治療過程中出現耐藥菌株的機會明顯減少。