患者尿液均正常，感染并非膀胱壁纖維化的主要病因，有學者認為盆腔外科手術或感染產生的淋巴管梗阻是其病因，而許多患者沒有這樣的病史。亦有學者提出是由于血栓靜脈炎伴膀胱或骨盆內臟器急性感染，或由于精神沖動產生長期小動脈的痙攣所致，還可能與內分泌因素有關。目前，大量的證據認為間質性膀胱炎是一種自體免疫膠原性疾病。對肥大細胞和膀胱表面氨基酸糖甙在間質性膀胱炎中的作用受到注意，一些研究人員正著手進行這方面的研究。
