隱孢子蟲于1907年首次在小鼠胃腸黏膜切片中發現，定名為鼠隱孢子蟲(C，muris)，1912 年又報道了微小隱孢子蟲，直到1955年才確定此蟲為引起動物腹瀉的重要病原。隱孢子蟲在分類上屬原生動物界頂復門(Apicomplexa)、孢子蟲綱(Sporozoa)、球蟲亞綱(Coccidia)、真球蟲目(Euceidioride)、艾美耳球蟲亞目( Eimeriorina)、隱孢科(Cryptosporididae)、隱孢子蟲屬(Cryptosporidiom)，已在哺乳動物、禽類、爬行類和魚類等體內發現了15個有效種，包括安氏隱孢子蟲(C.andersoni)，貝氏隱孢子蟲(C.baileyi)、犬隱孢子蟲(C.canis)、貓隱孢子蟲(C.elis)、雞隱孢子蟲(C.galli)、人隱孢子蟲(C.huminis)、火雞隱孢子蟲(C.meleagridis) 、摩氏隱孢子蟲(C.molnari)、小鼠隱孢子蟲(C.muris)、小球隱孢子蟲(C.aroum)，魏氏隱孢子蟲(C.urairi)，蜥蛇隱孢子蟲(C.saurophilum)、蛇隱孢子蟲(C.serpentis)、豬隱孢子蟲(C.suis)、牛隱孢子蟲(C.bovis)。