菌種的外觀鑒定，是針對食用菌菌種生產環節本身的質量管理而言的。生產環節本身的質量管理良好，則菌種生長良好，反之則菌種質量較差。菌種外觀直接鑒定的方法不能全面地判斷菌種的生產性能。為了全面鑒定食用菌不同品種在不同條件下的產量、品質、抗性及適宜范圍，從而客觀的評價品種的利用價值，往往要進行品種試驗。
1．品種（系）比較試驗食用菌品種（系）比較試驗方法有很多，可以參考如下幾種。
(1)顯微鏡觀測法菌絲體進行顯微觀察內容有菌絲的形態結構、鎖狀聯合現象，孢子的形狀、大小、表面特征等，并且確定菌絲粗細分枝、隔膜、鎖狀聯合等特性是否均一，是否與該栽培品種的典型特征一致。正常的菌絲一般具有透明、分枝狀、有橫隔和明顯的鎖狀聯合。異宗結合的食用菌，如僅有單核菌絲，不具結實性，不宜作菌種用。雙核菌絲中，鎖狀聯合多而密，則結菇力強，一般可認為是好菌種。具有不同形態特征的菌絲體存在于同一菌種中，表明該菌種存在質量問題。
顯微鏡觀察方法是在載玻片上滴一滴蒸餾水，然后挑取少許菌絲置水滴上，讓菌絲體充分展開，蓋好蓋玻片，再置顯微鏡下觀察。也可通過菌絲體染色后鏡檢觀察。對于經驗豐富的實驗人員，通過顯微鏡觀察，還能夠判斷菌種是否污染雜菌，并對污染雜菌進行分類。
(2)菌絲吃料能力 將菌種接入培養料上，置25℃條件下培養，5d后觀察菌絲生長情況。如果菌種塊能很快萌發，并迅速向培養料中生長伸展，則說明該品種的吃料能力強，分解培養料的能力較強，可用于擴大繁殖；如果菌種萌發后生長緩慢，遲遲不向四周和料層深處伸展，則表明該品種對培養料的適應能力差，分解培養料的能力也較弱，是劣質菌種，應慎重使用。
(3)菌絲生長速度取少量菌種接于適宜的培養基上，在適宜溫度下培養。通常采用平板培養法，方法是將所測定的菌種，轉接至馬鈴薯蔗糖瓊脂培養皿中央，待菌絲向平皿輻射蔓延生長時，用直徑0. 5cm的打孔器，滅菌后打取邊緣菌絲，連同培養基重新接入新的馬鈴薯蔗糖瓊脂培養皿中央進行培養，每隔24h，測定菌落直徑，直至菌落覆蓋全皿為止，從而測出菌絲平均生長速度。若菌絲生長快，且整齊、濃密、健壯的則是優良菌種；若菌絲生長慢或特別快，且不整齊、凌亂的則不是優良菌種。
(4)菌絲生長量測定將等面積的菌苔接入無菌的液體培養基內，在相同的條件下，進行搖床振動培養后，過濾收集菌絲，反復沖洗干凈后置容器內，80～100℃烘箱中烘干至恒重后稱重。凡菌絲增殖快、重量重的為優質菌株，而增殖慢、重量輕的為不良菌株。
(5)菌絲長勢測定 菌絲長勢包括菌絲生長的狀態和速度。凡是菌絲生長迅速、整齊濃密，健壯有力的菌種為優良菌種；如果菌絲生長緩慢或長速特快、稀疏、參差不齊、易于衰老，則表明是劣質菌種。判斷食用菌的菌種長勢，應采用相同的培養基，結果才能可靠一些。在外界環境相同的情況下，菌絲生長旺盛、生長量多，生長速度快的要好于菌絲生長弱、生長量少、生長速度慢的菌種。
(6)極限培養試驗對于分離、選育和引進的菌種，可以通過極限培養試驗，觀察菌絲體對干、濕度和溫度等方面的適應能力。如將菌種移接到不同含水量（偏干、偏濕、干濕適宜）的培養料中，觀察菌絲吃料及生長情況。一般食用菌培養料含水量為60%～65%，若它在較低及較高含水量的培養料中仍能正常生長，則說明其對于、濕度的適應性較強，是較好的菌種，可以用作擴大繁殖。
(7)菌絲的高溫鍛煉試驗將菌種在20～25℃下培養7d后，置于35℃下進行24h高溫鍛煉，再回到適宜的溫度下培養。經過高溫的處理，如果菌絲恢復萌發快、不發黃、不倒伏，而且仍然旺盛生長，則表明該菌種具有耐高溫的優良特性，可用來擴大培養。
(8)均一性試驗將菌種在標準條件下培養，每批做30～50個重復，每天觀察菌絲的生長速度和生長外觀。經過連續一段時間觀察后，比較菌種的優劣。一般認為，均一性好的菌種幾乎肉眼很難區別其差異。如果差異較大，說明外觀均一性不好，菌種可能遺傳均一性不好，不是優良菌種。
(9)液體培養試驗配制2%的糖水溶液裝入500mL的三角瓶中，每瓶裝100mL，滅菌后，接入黃豆大小的一塊菌種，25～28℃下培養7d。如果菌種塊四周菌絲生長迅速、濃密潔白、呈棉絮狀，則表明菌種的生活力旺盛；反之，如果菌種下沉、菌絲生長緩慢、菌絲膜很薄，則說明菌種生活力弱；如果液面有氣泡，產生“油質”、“油皮”、“混濁”現象，則說明菌種本身已經被雜菌污染。
(10)菌絲頡頏試驗 同一種食用菌經分離或雜交，將選育出許多不同的菌株，這些菌株的菌絲在形態上很難區別。在當前菌種管理工作尚不十分健全的情況下，“同名異種”、“同種異名”的現象普遍發生，為區分菌株間的差異，可以采用頡頏試驗，頡頏試驗也稱對峙反應。
頡頏試驗可以采用平板進行，也可采用斜面進行。采用平板進行頡頏試驗的具體方法，是將供試的菌株接種在平皿培養基上，在25℃條件下培養，觀察菌株的菌絲相互接觸后的表現。如果不同菌株的菌絲在平皿上相互接種后，產生明顯的頡頏線，表明菌株為不同的菌株。采用斜面進行頡頏試驗的具體方法，是取1支20mm×200mm的無底試管，中央部位裝入長5～7cm的木屑麩皮培養基或其他適宜的培養料，兩端壓平并蓋棉塞，滅菌后，兩端各接入兩株供試的菌種1小塊，在25℃條件下培養，當兩端菌絲往中央生長并相互接觸后，
把斜面移至20℃，約3001x的散射光下繼續培養，觀察菌絲接觸區有無對峙反應。若無明顯的頡頏線，表示兩個供試菌株的基因極相似或相同，是相同的菌株；如果供試菌株間形成明顯的頡頏線，則表示是不同的菌株。
(11)抗霉性測定首先制備平板，在平板的一邊接種食用菌菌種后，置于25℃條件下培養。當食用菌菌絲長到平板一半時，再在平板的另一邊接上木霉，繼續培養。觀察木霉菌絲和食用菌菌絲交界處，如果出現頡頏線，說明菌種抗霉菌活性較強。如果木霉菌絲很快蓋過了食用菌菌絲，說明此菌種抗霉能力較弱。
(12)其他生理及遺傳特征分析利用生物化學的方法鑒定菌種的生理特征，從而判斷菌種的某種優良性狀。如測定菌種的纖維素酶、多酚氧化酶、漆酶、蛋白酶等酶活力，來比較菌種間對不同材料的分解能力；測定不同菌種菌絲的呼吸強度來判斷菌株是否高產等；也可以對菌種進行遺傳分析，比如進行酯酶同工酶及RAPD檢測等，分析該菌種的遺傳物質是否保持原有菌種的特征帶，如果遺傳分析發現主要標記酶帶或擴增帶有變異說明該菌株可能出錯或已發生變異，是劣質菌種。
2．品種栽培試驗品種栽培試驗就是將自行分離或外地引入的品種與當地推廣和栽培的同類型品種，按生物統計原理進行設計栽培，從而鑒定其品種優劣的一種方法。出菇試驗是進行食用菌良種性狀鑒定的重要措施。菌絲生長得再好，但生產上出菇量少、經濟性狀不好、生物轉化率低或產值低于當地使用推廣的良種都不算是良種。出菇試驗常使用瓶栽、袋栽、壓塊等方法進行小規模的栽培試驗。通過觀察菌絲生長速度、菌絲吃料能力、出菇（耳）的快慢、子實體形態、產量的高低、對環境適應能力、抗病蟲害能力的強弱來綜合評價菌種質量的優劣。
出菇試驗在設計栽培和管理上，應根據品種生物學特性及當地氣候特點，將影響生長和產量的各種因子全面考慮，試驗栽培每次應達到一定數量，其床栽面積在0.11m2以上，袋栽數量在10袋以上，塊栽數量在5塊以上，段木在50kg以上，并且要有三次以上重復。在管理過程中對環境因子的變化、管理措施及生長歷程、品種本身性狀等要詳細全面記錄。栽培過程中，要詳細記錄發菌情況（菌絲恢復、定植天數）、菌絲生長情況、出菇期（每潮菇的起止時間、持續天數）、產量（總產、單產）、子實體形態（菇形、色澤、菇蓋直徑和厚度、菌柄長度和直徑、單菇重量等）以及對環境條件的反應、出菇特性等內容。最后要做好數據整理工作，對比其各項結果，確定品種的優劣。只有通過出菇試驗，確認是優良的菌株后，方可推廣應用進行生產。現對品種栽培試驗中的幾個主要指標介紹如下。
(1)吃料能力將待測菌種接入適宜的培養料中，置于適宜條件下培養一段時間后，觀察種菇（耳）菌絲的吃料能力。如果菌種很快萌發，并迅速向四周和培養料中生長伸展，則說明該品種的吃料能力強，菌絲生長快；反之，菌種萌發后生長緩慢，遲遲不向四周的料層深處伸展，則表明該品種對培養料的適應能力差，菌絲吃料能力較弱。對菌種吃料能力的測定，不僅用于對菌種本身的考核，同時還可以作為篩選最佳培養料的一種手段。
(2)成活率栽培試驗中的成活率測定方法，是將菌種接在適宜的培養基上，若菌絲能很快恢復、定植和蔓延生長，成活率很高，是良好的菌種；反之，如果接種后菌絲恢復慢，成活率很低，則菌種的質量較差。
(3)出菇快慢一般來說，高溫型的品種出菇快，低溫型的品種出菇慢，中溫型品種介于兩者之間。而以菇的質量來說，高溫型品種的質量差，低溫型的品種質量好。但是，對于同一溫型食用菌品種的不同菌株來講，如果接種后菌絲分解培養料能力強，培養前后培養料失重大，則出菇快而多，總產高，即是好菌種，否則為劣質菌種。
(4)菇峰間隔 在一個生產周期中，子實體發生可分數潮次，產菇最多時稱菇峰，最低時稱菇谷，每個菇峰和菇谷構成一個菇潮。凡菇潮多，間隔時間短，說明菌絲分解能力強，供子實體發生的養分積累多，因此轉潮快，是好的菌種；反之，菇潮間隔時間長或不明顯，零星出菇，產量低，即為劣質菌種。
(5)子實體形態子實體形態包括菇形、色澤、菇蓋直徑和厚度、菌柄長度和直徑、單菇重量等。一般來講，子實體形態均一、菇形周正、具有菌種特有的色澤以及香味者為較好的菌種。
(6)干燥率鮮菇經干制后干燥率高，說明轉化率高，子實體含水分低，為優質菌種。
(7)生物學效率 生物學效率是指每100kg干料可產多少千克鮮菇。生物學效率高，說明菌種對原料的利用率較高，轉化率較高，菌種質量好，反之則為劣質菌種。
菌種質量鑒定是非常繁雜而細致的工作，除了以上的方法外，對于篩選的優良菌種往往還要評估其經濟指標。高產不一定高效、豐產不等于豐收。要占領市場，獲得較高利潤，還必須具備商品的要求，如產品的色、香、味、形，檔次，上市時間，貨架期和保質期等。凡是鮮菇上市時間早，產量高、品質好、檔次高、含水量低，不易變色、變質、破碎、失重，無農藥殘留、無殘臭，符合食品衛生標準和得到的利潤高等，均表示經濟指標高，則為優質菌株；反之，上市有效時間短，易變色、變味、變質，含水量高，失水嚴重，易破碎，利潤低的菌種均為劣質菌種。