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作為發現較早的一種修飾途徑，DNA甲基化能夠引起染色質結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而控制基因表達。DNA甲基化修飾過程會使甲基添加到DNA分子上，例如在胞嘧啶環的5'碳上：這種5'方向的DNA甲基化方式可見于所有脊椎動物，這表明甲基化CpG 粘附蛋白在DNA甲基化方式的選擇，以及DNA 甲基化與組蛋白去乙酰化、染色質重組相互中的有重要作用。
哺乳動物一生中DNA甲基化水平經歷2次顯著變化，*次發生在受精卵zui初幾次卵裂中，去甲基化酶清除了DNA分子上幾乎所有從親代遺傳來的甲基化標志；第二次發生在胚胎植入子宮時，一種新的甲基化遍布整個基因組，甲基化酶使DNA重新建立一個新的甲基化模式。
目前主要有兩種方式用于去甲基化，分別為主動途徑以及被動途徑，其中：
1、主動途徑：是由去甲基酶的作用，將甲基基團移去的過程。在DNA 甲基化阻遏基因表達的過程中，甲基化CpG 粘附蛋白起著重要作用。雖然甲基化DNA 可直接作用于甲基化敏感轉錄因子E2F、CREB、A P2、CM yc?M yn、N F2KB、Cmyb、Ets，使它們失去結合DNA 的功能從而阻斷轉錄，但是，甲基化CpG 粘附分子可作用于甲基化非敏感轉錄因子（SP1、CTF、YY1）,使它們失活，從而阻斷轉錄。
2、被動途徑：由于核因子N F 粘附甲基化的DNA，使粘附點附近的DNA不能被完全甲基化，從而阻斷DNM T1 的作用。
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