1．無菌性腦膜炎（asepticmeningitis）由柯薩奇B組病毒和常見的A7、A9以及ECHO病毒引起。臨床早期癥狀為發熱、頭痛、全身不適、嘔吐和腹痛、輕度麻痹，1～2天后出現頸強直、腦膜刺激癥狀等。
2．皰疹性咽峽炎（herpangina）由柯薩奇A組的A2～A6、A8、A10引起。典型癥狀為發熱、咽喉痛、軟腭及懸雍垂周圍出現水泡性潰瘍損傷。
3．手足口病（hand-foot-mouthdisease）由柯薩奇A組的A16、新腸道病毒71引起，有時A5和A10也可引起。特征為口和咽潰瘍、手掌和足底的水皰疹，有時可蔓延至臂部和腿部。
4．心肌炎（myocarditis）成人及兒童的原發性心肌病是由柯薩奇B組病毒引起的，約占心臟病的5%。ECHO病毒1、6、9等型也可引起。新生兒感染常引起死亡，其他年齡感染者可造成明顯的心臟損傷，且可出現持續感染，促發導致心肌病的自身免疫應答。
5．嬰兒全身性疾病這是一種非常嚴重、多器官感染性疾病，包括心臟、肝臟和腦。由柯薩奇B組病毒經胎盤感染胎兒或護理不當造成接觸性感染引起。ECHO病毒某些型別也能引起。嬰兒感染后常有嗜睡、吸乳困難和嘔吐，伴有或不伴有發熱等癥狀，進一步發展為心肌炎或心包炎，甚至死亡。
此外。柯薩奇病毒、ECHO病毒還可引起呼吸道感染，胃腸道疾病，胸肌痛等疾病，可能還與I型糖尿病相關。人體感染柯薩奇病毒和ECHO病毒后可產生特異性中和抗體，對同型病毒有持久免疫力。微生物學檢查及防治病毒分離取咽洗液或咽拭子、糞便、結膜拭子等標本，接種原代或傳代猴腎細胞，培養5～14天，逐日觀察細胞病變，應用標準血清鑒定病毒，或接種乳鼠，A組病毒常在3～8天、B組病毒常在5～14天內出現癥狀，再根據病理損傷和免疫學方法鑒定。血清學檢查可應用免疫熒光檢測細胞中的抗原，或ELISA檢測抗體。也可應用RT－PCR法檢測其特異性核酸片段。目前尚無預防和治療柯薩奇病毒、ECHO病毒感染的疫苗和藥物。