GCMS數據采集

有機混合物樣品用微量注射器由色譜儀進樣口注入，經色譜柱分離后進入質譜儀離子原在離子源被電離成離子。離子經質量分析器，檢測器之后即成為質譜儀信號并輸入計算機。樣品由色譜柱不斷流入離子源，離子由離子源不斷進入分析器并不斷得到質譜，只要沒定好分析器掃描的質量范圍和掃描時間，計算機就可以采集到一個個的質譜。如果沒有樣品進入離子源，計算機采集到的質譜各離子強度均為0。當有樣品過入離子源時，計算機就采集到具有一定離子強度的質譜。并且計算機可以自動將每個質譜的所有離子強度相加。顯示出總離子強度，總離子強度隨時間變化的曲線就是總離子色譜圖，總離子色譜圖的形狀和普通的色譜圖是相一致的，它可以認為是是用質譜作為檢測器得到的色譜圖。

質譜儀掃描方式有兩種：

全掃描與選擇離子掃描：

全掃描是對指定質量范圍內的離子全部掃描并記錄,得到的是正常的質譜圖,這種質譜圖可以提供未知物的分子量和結構信息。可以進行庫檢索。

質譜儀還有另外一種掃描方式叫選擇離子監測（Selection Moniring SIM）。此種掃描方式是只針對選定的離子進行檢測，而其它離子不被記錄。

它的最大優點：

一是對離子進行選擇性檢測，只記錄具有特征的、感興趣的離子，不相關的，干擾離子統統被排除；

二是選定離子的檢測靈敏度大大提高。在正常掃描情況下，假定一秒鐘掃描2～500個質量單位。那么，掃過每個質量所花的時間大約是1/500秒，也就是說，在每次掃描中，有1/500秒的時間是在接收某一質量的離子。在選擇離子掃描的情況下，假定只檢測5個質量的離子，同樣，也用一秒，那么，掃過一個質量所花的時間大約是1/5秒。也就是說，在每次掃描中，有1/5秒時間是在接收某一質量的離子。因此，采用選擇離子掃描方式比正常掃描方式靈敏度可提高大約100倍。由于，選擇離子掃描只能檢測有限的幾個離子，不能得到完整的質譜圖，因此，不能用來進行未知物定性分析，但是，如果選定的離子具有很好的特征性，也可以用來表示某種化合物的存在。選擇離子掃描方式最主要的用途是定量分析，由于它的選擇性好，可以把由全掃描方式得到的非常復雜的總離子色譜圖變得十分簡單。消除其它組造成的干擾。