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  • 發布時間:2019-11-03 19:12 原文鏈接: NCBI使用方法之二:如何查找連續的mRNA、cDNA、蛋白序列

    1、進入NCBI主頁

    在search后面選擇Gene,在for后面填寫需要查找的基因的名字。

    點擊“Go”,

    出現了很多基因序列,在每個序列的右邊還有“Order cDNA clone” 的鏈接,這些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的,有些是別名(Other Aliases)與你的目的基因一致,根據每個序列的介紹認真選擇你的目的基因。上圖中我需要的IL6是標號為2的序列。

    2.1、查找cDNA序列

    2.1.1、點擊Order cDNA clone, 出現目的頁面如圖所示:

    2.1.2、點擊Clone Sequence后面的鏈接即可得到cDNA序列。點擊后如圖所示(只抓取其中一部分):

    2.2、查找mRNA、蛋白序列

    回到步驟1點擊“Go”之后出現的頁面,點擊目的基因的名字,出現以下頁面(只抓取相關部分):

    頁面的下半部分,即可以獲取mRNA和蛋白序列的部分:

    找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”,它分為幾個板塊,第一個“mRNA and ProteinMoon”區可以讓我們找到連續的編碼mRNA序列和蛋白序列。在mRNA and ProteinMoon下面有兩個序列代碼(中間劃有一個箭頭),這代表了mRNA序列和蛋白序列。分別點擊就可以得到相應的序列頁面。點擊后如圖所示,mRNA序列:

    蛋白序列如下:

    NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二個板塊是Reference assembly,它下面顯示的是Genomic ,點擊Genomic下面Reference assembly對應的Genbank或FASTA即可出現編碼的DNA序列(注意:只是編碼序列,其中包括內含子,但一般沒有5‘非編碼區)。這一步就不做貼圖演示了吧,呵呵。

    這樣我們就可以找到基因的cDNA序列、連續的編碼mRNA序列、蛋白序列以及含有內含子的編碼DNA序列了。相信這些操作對很多戰友還是有用的。


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