科學家們開發了一種新方法,不需要用酶就可以在固定樣本中鑒定蛋白之間的互作。
細胞內的所有生物學過程基本上都是蛋白質控制的,蛋白一般通過互作來執行其正常功能。可想而知,研究蛋白互作是理解細胞生物學的關鍵。不過,靈敏可靠的檢測蛋白質互作并不是一件容易的事。
舉例來說,用熒光標記的兩種抗體對蛋白互作進行染色,有可能產生非特異性的假陽性結果。為了提高檢測的特異性,鄰位連接技術(PLA)應運而生。該技術將抗體與DNA探針相連,如果兩個抗體彼此靠近,DNA就會連接起來并進行擴增。這樣的信號放大機制,可以鑒定到低豐度的目標。
雜交鏈式反應(HCR)也是一種基于DNA雜交放大信號的方法,不過HCR不需要連接這一步。該方法主要是利用帶有發夾結構的寡核苷酸和起始寡核苷酸,起始寡核苷酸與發夾中的一段序列雜交,會生成一條長DNA鏈,可以用熒光探針檢測到。
烏普薩拉大學的Ola S?derberg等人將HCR與鄰位感知結合起來,開發了一種在固定細胞中原位鑒定蛋白質互作的新技術,proxHCR。“這種以抗體為基礎的方法既具有PLA的優勢,又不需要酶學步驟,”S?derberg說。
研究人員將兩個寡核苷酸發夾分別連接在兩個抗體上。這兩個抗體彼此接近的時候(即存在蛋白互作),會生成一個起始序列,啟動雜交鏈式反應,實現熒光信號的擴增。研究人員用proxHCR對多種蛋白質互作進行了顯微鏡和流式細胞分析。
為了減少假陽性信號,研究人員向DNA發夾中引入了錯配。他們還改變了發夾的莖環長度,優化了檢測的效果和穩定性。研究指出,proxHCR有望成為替代鄰位連接技術的有力工具,幫助人們進行低成本的蛋白互作分析。
“我們這一技術主要用于固定組織,適合疾病診斷和即時檢測。我們也會進一步嘗試改良,讓它能夠用于其他實驗條件,”S?derberg說。
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