Northern雜交的總體過程與Southern雜交相似，只不過在印跡（Blotting）過程中轉移的是RNA而不是DNA，這種將RNA樣品從凝膠轉移濾膜的方法，其設計者為之起了一個與Southern：blotting對應的名稱Northern：blotting。
其分子雜交過程與Southern分子雜交方式是相同的。Northern雜交主要用來檢測細胞或組織樣品中是否存在與探針同源的mRNA分子，從而判斷在轉錄水平上某基因是否表達，在有合適對照的情況下，通過雜交信號的強弱可比較基因表達的強弱。