（1）PCR 反應前污染
主要是樣品 DNA 的交叉污染。提取 DNA 使用的儀器上殘留的雜質 DNA 或反應管中殘留的 PCR 產物、PCR 操作者皮膚或頭發等均可引起樣品污染。其中 PCR 產物的污染，也稱殘留污染（carryover），是引起樣品交叉污染的主要因素。明膠、Taq DNA 聚合酶等 PCR 反應試劑等均有可能帶有雜質 DNA，因此也可導致 PCR反應前污染。
（2）PCR 反應后污染
PCR 反應后污染主要來自于 PCR 產物檢測過程，如電泳上樣、點雜交點樣時加樣器吸頭之間的污染等。