一般來說,mRNA與核糖體的結合程度越強,翻譯的起始效率就越大,而這種結合程度主要取決于SD序列與16S rRNA的堿基互補性,其中以GGAG 4個堿基序列尤為重要。其中,大腸桿菌的SD序列為AGGAGGU。對多數基因而言,這4個堿基中任何一個換成C或T,均會導致翻譯效率大幅度降低。SD序列與起始密碼子AUG之間的序列對翻譯起始效率的影響則表現在堿基組成和間隔長度兩個方面。實驗結果表明,SD序列后面的堿基若為AAAA或UUUU,則翻譯效率最高,而為CCCC或GGGG的翻譯效率剛分別是最高值的50%和25%。緊鄰AUG的前3個堿基對翻譯起始效率也有影響,對于大腸桿菌β一半乳糖苷酶的mRNA而言,在這個位置上最佳的堿基組合是UAU或CUU,如果用UUC,UCA或AGG取代之,酶的表達水平降為1/20。
SD序列與起始密碼子之間的精確距離保證了mRNA在核糖體上定位后,翻譯起始密碼子AUG正好處于核糖體中的P位,這是翻譯啟動的前提條件。在很多情況下,SD序列位于AUG之前大約7個堿基處,在此間隔中少一個或多一個堿基,均會導致翻譯起始效率不同程度的降低。大腸桿菌中的起始tRNA分子可以同時識別AUG、GUG和UUG3種密碼子,但其識別頻率并不相同,通常GUG為AUG的50%,而UUG只及AUG的25%。mRNA 5'端非編碼區自身形成的特定二級結構能協助SD序列與核糖體結合,任何錯誤的空間結構均會不同程度地削弱mRNA于核糖體的結合強度 。