VIE魚類熒光標記主要是使用與鈣具有親和性的熒光化合物作用于標記對象，使其沉積在耳石上以形成在熒光顯微鏡下可識別的熒光標志。自Douglas等發現鹽酸四環素（TC）可沉積在魚類骨骼和鱗片上，便開始了魚類耳石化學標記的系統研究，化學標記可在魚類任何生活史包括受精卵階段開展，且耳石標志永久保存，常用于大規模標記。
至今已篩選出可用于標記的常用物質有土霉素（OTC）、鹽酸四環素、茜素絡合物（ALC）、茜素S（ARS）、鈣黃綠素等[19]，四環素類是使用時間最長的標記物質，但標記效果卻稍遜于ALC和ARS，鈣黃綠素能較好地標記很多魚類，但其使用的安全濃度較小，作用時間不易掌握。
VIE魚類熒光標記放流標記由兩部分硅有機樹脂材質組成，在使用前混合。VIE標記線注射之前是液體，注入體內后很快變成適應生物體的固態物質。這些標記線植入透明或半透明的組織下面，保持從外表可見。在許多兩棲動物身上，VIE標記線甚至可以透過黑色皮膚觀察到。VIE標記線廣泛應用于更多的水生動物，長須鯨、甲殼類動物、爬行動物和兩棲動物。
VIE魚類熒光標記途徑有注射、浸泡或投喂含有標記物的飼料，研究表明茜素投喂或注射的標記效果都不理想，而浸泡標記效果明顯，而鈣黃綠素通過注射的標記效果優于浸泡。選用何種標記物及標記手段一般主要根據標記魚的大小、生活史階段、標記數量及資金預算等綜合考慮。
耳石熱標記是通過人為短期地對水溫進行調控以改變耳石上的一個或多個生長輪紋的特征，形成終身可識別的標記。僅僅通過人工調控溫度波動就能對胚胎、仔魚耳石進行有效地大規模標記，方法簡單，且費用低廉。該標記技術已在世界范圍內得到廣泛推廣使用。