1) 樣品制備
XRF樣品制備簡單，但并非無需樣品處理，XRF對樣品中元素分布均勻性、樣品顆粒度、樣品表面光滑度、表面粉塵、礦物效應等有要求，這些方面都會不同程度影響分析精度，使用者可以通過相關的樣品制備方法消除或者改善這些影響，譬如：研磨、壓片、拋光、熔片等方法是XRF通常采用的樣品制備方法。
2) 定量模型
XRF定量模型的建立要充分考慮標準樣品的選擇、基體的匹配、校正算法的建立、目標樣品的適用性等，這些方面都會影響到定量精度，往往這些方面需要分析工作者有豐富的經驗。
3) 樣品適應性
即使建立可靠的定量模型，但對目標樣品適應性也非一勞永逸，也要充分考慮目標樣品的物理形態、元素含量范圍、基體與標準樣品一致性等條件，這些條件與建立定量模型采用的標準樣品不一致，會一定程度造成定量誤差。
4) 質量控制
在分析目標樣品過程中，采用其它實驗室分析方法進行定量精度的控制是必要的，不同分析方法存在偏差是必然的，當偏差較大時，應進一步充分驗證兩種分析方法的精度，目標是提升XRF定量精度。