專訪空間轉錄組學技術的探路者青年科學家彭廣敦
編者按：空間轉錄組學技術是轉錄組學研究領域的新方向，也是研究細胞異質性方面的新方法。該技術通過整合與優化單細胞測序和激光顯微切割技術， 獲得少量細胞轉錄組信息的同時可以保留細胞原有位置信息。為此， 生物谷專訪了該技術的主要開發者－中國科學院上海生化細胞所彭廣敦副研究員 生物谷：彭教授您好，非常感謝您此次接受生物谷的邀請來參加“2017多組學研究與臨床轉化前沿論壇”。請問您認為多組學技術在臨床研究方面有哪些應用前景？ 回答：謝謝邀請！很榮幸參加這次論壇的交流。近些年隨著高通量測序、轉錄組、基因組、代謝組以及各種表觀遺傳組等組學技術的發展，現代醫學越來越認識到個性化醫療或精準醫療在獲得最佳的臨床效果上具有重要深遠的意義。許多疾病的發生是多因素的結果，多組學的聯合應用特別適合在復雜系統中厘清出關鍵因素，即能覆蓋到面，也能涉及到點，已經在提高臨床治療質量，降低醫療費用大顯身手，未來必會在臨床研究方面綻放出更為奪目的光彩，在精確篩......閱讀全文
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。 空間轉錄組測序運用方向（Trends Bi
全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型發布
7月11日，由臨港實驗室牽頭，聯合上海科學智能研究院、上海交通大學、東京大學國際神經智能研究中心等多家單位，共同發布了全球首個跨物種大腦空間轉錄組基礎模型BrainBeacon。生命科學中的細胞“語言”由DNA、RNA、蛋白質和基因表達等分子“詞語”構成。開發基于這種特殊“語言”的人工智能（AI）細
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空間轉錄組圖譜
3月22日，國際學術期刊《細胞》子刊《發育細胞》在線發表了中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所景乃禾研究組與中國科學院-馬普學會計算生物學伙伴研究所韓敬東研究組合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
動物所建立高通量大視野空間轉錄組學新技術
在生物醫學研究領域，空間轉錄組學技術已成為揭示細胞組成、空間異質性以及細胞間復雜相互作用的關鍵工具，對探討胚胎發育、神經科學及疾病發生機制等至關重要。然而，該技術在實際應用中受限于成本高昂、視野范圍有限和數據處理通量不足等技術瓶頸。這些限制在構建三維及多時空全轉錄組圖譜時尤為突出。9月10日，中國科
科學家提出AI“解碼器”助力空間轉錄組研究
近日，記者從深圳華大生命科學研究院了解到，該院聯合基因組多維解析技術全國重點實驗室成功開發出一款名為SpaSEG的AI“解碼器”，可處理多項核心任務，包括識別組織空間結構域、檢測空間高變基因、整合多張組織切片以及解析細胞間的相互作用，為空間轉錄組分析提供了統一框架。相關研究成果發表于《基因組生物學》
Meadowlark－Optics收購PerkinElmer空間光調制器業務
Meadowlark Optics (Frederick, CO)收購了Cambridge Research & Instrumentation (CRi； Hopkinton, MA)的空間光調制器(SLM) 產品線，而CRi自2011年開始屬于PerkinElmer生命科學部。CR
濱松空間光調制器重要參數介紹
空間光調器(Spatial Light Modulation, SLM)空間光調制器(Spatial Light Modulator, SLM)是一種電光轉換器件，能夠對輸入的光進行調制、控制，從而實現圖像重構、光學信號處理等功能。不同類型的空間光調制器在這些參數方面可能會有所不同，具體選型應根據應
植物所在植物光形態建成轉錄調控方面取得進展
轉錄調控是生物體內由轉錄因子和其他調節蛋白協同或拮抗調控基因表達的重要生化機制。光信號是高等植物早期生長發育中光形態建成的決定性因素，其信號通路中光敏色素互作因子PIF為負向調控因子，HY5為正向調控因子。PIF和HY5分別是bHLH型和bZIP型轉錄因子，在植物生長發育及環境響應中具有廣泛的功
植物所在植物光形態建成轉錄調控方面取得進展
轉錄調控是生物體內由轉錄因子和其他調節蛋白協同或拮抗調控基因表達的重要生化機制。光信號是高等植物早期生長發育中光形態建成的決定性因素，其信號通路中光敏色素互作因子PIF為負向調控因子，HY5為正向調控因子。PIF和HY5分別是bHLH型和bZIP型轉錄因子，在植物生長發育及環境響應中具有廣泛的功
劉光慧/彭耀進等解析衰老研究科學家倫理認知全球圖景
隨著21世紀的到來，人口老齡化及其對社會的影響日益突顯。預期壽命的延長標志著現代醫學和社會進步的勝利，也使衰老研究成為焦點。全球60歲及以上人口數量在近幾十年大幅增加，預計到2050年將占全球總人口的22%，80歲以上的人口在2020年至2050年間將增長三倍。隨之而來的是學界對多種衰老干預措施
研究發現轉錄后剪接特異性調控葉肉細胞光響應及光形態建成
光是重要的環境信號，是植物進行光合作用的能量來源，參與調控植物各個階段的生長發育過程，如種子萌發、幼苗形態建成、葉片發育、莖的伸長與生長、向光性、氣孔與葉綠體運動、開花、晝夜節律及避蔭反應等。植物幼苗破土見光后，光信號迅速啟動，發生光形態建成，即下胚軸生長受到抑制、子葉張開并變綠以進行光合作用。這是
科研人員構建膝關節炎軟骨細胞分群或狀態圖譜景觀
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517669.shtm西安交通大學醫學部孫世權教授團隊聯合中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院彭廣敦研究員團隊，從軟骨細胞、軟骨組織、膝關節骨性關節炎人群三個層面，整合了單細胞、空間以及全基因組關聯分析等多模
利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴大腦皮層的細胞類型
闡明大腦皮層的細胞類型組成對于理解大腦結構和功能至關重要。中國科學院腦智卓越中心利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴皮層的細胞類型。該研究成果于近日發表在《Cell》雜志上，題為：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati
NorthwesternUniversity為空間轉錄組學創建開源“一站式商店”
紐約——Northwestern University的科學家最近發布了空間轉錄組學分析資源（SOAR），這是一個在線工具，旨在成為空間轉錄組學研究的“一站式商店”。 這項平臺在本周《科學進展》（Science Advances）發表的一項研究中被介紹。 Northwestern Unive
科學家系統性評估多種空間轉錄組分析算法
中國科學技術大學生命科學與醫學部教授瞿昆課題組設計了一整套分析流程，系統性評估了16種空間轉錄組和單細胞轉錄組數據整合算法在預測基因或細胞類型空間分布方面的性能。研究成果5月16日在線發表于《自然-方法》。整合分析流程 中國科大供圖“細胞在組織器官內所處的空間位置，與其發揮生理功能或疾病產生過程密切
科學家發表跨物種小腦皮層單細胞空間轉錄組圖譜
9月27日，《科學》（Science）在線發表了題為Cross-species single-cell spatial transcriptomic atlases of the cerebellar cortex的研究論文。該成果由中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心聯合杭州華大生命科學研究院、
如何正確地選擇空間光調制器？（二）
選擇相應的波段濱松每個系列（X10468/X13267/X13138）的LCOS產品都包含九個不同的型號，以-01~-09在型號的末尾表示。如X10468-07中的-07就是指該型號的產品可調制波長范圍為620nm-1100nm*虛線范圍所指含義：對于-05型號來說，波長小于400nm的紫外光會對L
如何正確地選擇空間光調制器？（一）
在光通信、顯微和望遠等成像系統、自適應光學、光鑷等許多應用領域中，都會涉及到光相位的調制，這時就需要用到一種新型的可編程光學儀器——空間光調制器。空間光調制器是采用LCOS（Liquid Crystal On Silicon, 硅基液晶）芯片來調節光波前的振幅或相位的光學器件。LCOS芯片是由液
小鼠肺發育時空分子圖譜繪制成功
近日，中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院研究員彭廣敦團隊同合作者運用高通量空間轉錄組技術，繪制出小鼠胚胎期主要階段到出生后P0天的時空分子圖譜，從而揭示了肺發育過程中的復雜調控機制。相關成果發表于《科學通報》（Science Bulletin）。哺乳動物肺的功能發育是一個復雜的過程，它依賴于多種細胞
空間轉錄組學開啟生命科學基因研究的3D模式
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數
研究發現RNA測序新方法：檢測亞細胞水平轉錄組空間分布
斯坦福大學研究團隊在RNA測序方面取得突破性進展，發明了一種亞細胞水平轉錄組空間分布的RNA測序新方法，研究論文于近日在線發表于國際期刊Cell，論文標題為“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 該研究發明了一
空間轉錄組學開啟生命科學基因研究的3D模式
近來單細胞組學研究的發展使生命科學研究步入更加微觀的層面。對單個細胞基因功能的了解不僅刷新了我們對組成組織的細胞類型的發現，也讓我們對組織中的細胞功能和互作機制有了全新認識。但是，需要將新鮮組織進行單細胞解離，需要足夠活性的細胞進行實驗，這些要求使得很多研究在一開始就被拒之門外。另外，雖然通過數據還
研究開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平臺
單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空
劉勛成等研究揭示植物光響應基因轉錄調控機理
近日，中科院華南植物園的一項研究揭示了植物光響應基因轉錄調控新機理，為農作物高產育種提供了重要的理論基礎。相關研究發表在《植物細胞》上。 在高等植物中，光敏色素通過與一類bHLH轉錄因子——光敏色素互作蛋白(PIFs)相互作用、傳遞光的信號從而影響植物的生長發育。然而，對光敏色素互作蛋白如
光頻域反射計的高空間分辨率相關介紹
空間分辨率是指測量系統能辨別待測光纖上兩個相鄰測量點的能力。空間分辨率高意味著能辨別的測量點間距短，即光纖上能測量的信息點就多，更能反映 整條待測光纖的特性。在OTDR系統中分辨率受探測光脈沖寬度的限制，探測光脈沖寬度窄，則分辨率高，同時光脈沖能量變小，信噪比減小。OFDR系統中的空間分辨率根
掀開空間轉錄組學的面紗：可視化觀察組織中的基因表達
在一項新的研究中，來自瑞典卡羅琳斯卡研究所和皇家理工學院等機構的研究人員開發出一種新的被稱作空間轉錄組學（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一種組織中哪些基因是有活性的。這種方法能夠被用于所有類型的組織中，而且在臨床前研究和癌癥診斷中是有價值的。相關研究結果發表在
營養與健康所等研發空間轉錄組數據多模態可視化工具
5月22日，中國科學院上海營養與健康研究所等研究人員在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上在線發表了題為SMDB: a Spatial Multimodal Data Browser的最新研究成果。該項工作為研究人員提供了空間多模態數據的交互可視化探索工具。 通過對組
人工智能賦能空間轉錄組數據的計算與解析研究獲進展
細胞在組織和器官內的空間位置，對其發揮特定功能頗為重要。近年來，快速發展的空間轉錄組（Spatial Transcriptomics）技術能夠同時測量生物組織切片空間位點的基因表達和空間位置信息，為研究人員破譯組織的空間結構，探討周圍環境對細胞基因表達的影響提供了條件。中國科學院數學與系統科學研
Nature：中科院團隊合作獲得小鼠胚胎早期時空轉錄圖譜
在小鼠胚胎的植入后發育期間，早期外胚層中的內細胞團的后代從幼稚狀態轉變為多能狀態。同時，形成胚層并指定細胞譜系，從而建立胚胎發生的藍圖。命運映射和譜系分析研究表明，胚胎層不同區域的細胞在原腸胚形成期間獲得位置特異性細胞命運。在基本身體計劃形成之前，細胞命運的區域化-其機制有助于理解胚胎編程和基于
北京理工大學，Cell+1
2024 年 4 月 23 日，北京理工大學生命學院肖振宇副教授、中國科學院動物研究所王紅梅、于樂謙、郭靖濤研究員、中國農業大學魏育蕾教授、鄭州大學第一附屬醫院何南南助理研究員在國際學術期刊 Cell 發表文章《3D Reconstruction of a Gastrulating Human