RNA甲基化測序
1、NSUN2影響m5C在HEK293細胞中整體分布情況NSUN2被報道是RNA甲基轉移酶，能使tRNAs和mRNA發生m5C甲基化修飾。為了探究NSUN2對HEK293細胞mRNA m5C甲基化修飾的影響。作者利用CRISP/Cas9技術敲減NSUN2（NSUN2-/-HEK293細胞）后進行RNA-BisSeq。經過生信分析，發現在HEK293細胞有12442個m5C位點，在NSUN2-/-HEK293細胞中有3270個m5C位點，在注釋mRNA中分別有1142個和376個m5C甲基化位點（A）。且NSUN2下調能夠降低m5C甲基化程度（B）和部分染色體上m5C位點數目（C）。但是，NSUN2下調并不改變m5C位點的motif偏好性，HEK293細胞中，CG含有22%，CHG含有33%，CHH含有45%；NSUN2-/-HEK293細胞中，CG含有24%，CHG含有33%，CHH含有43%（C、D）。這些數據顯示，NSU......閱讀全文
?ctDNA（羥）甲基化測序案例分享（一）
新型腫瘤標志物篩選利器-----ctDNA（羥）甲基化測序cfDNA（Cell free DNA）是人體組織排放到血液、尿液或腦脊液等循環體系中降解的DNA小片段，是一種新型的分子標記物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指來源于腫瘤細胞的cfDNA，是液體活檢主流方向。最新
ctDNA（羥）甲基化測序案例分享（二）
案例解析案例1：ctDNA甲基化可作為肝癌診斷和進程的分子標志物原文：Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma期刊：Nature Materia
最新進展：RNA的甲基化與去甲基化修飾
德國慕尼黑的路德維希-馬克西米利安大學（LMU）研究人員發現了細菌RNA中一種新型的化學修飾形式。顯然，只有當細胞處于應激狀態時，這種修飾才會附著在分子上，并且在恢復過程中會迅速去除。 核糖核酸（RNA）在化學形式上與DNA密切相關，而DNA是所有細胞中遺傳信息的載體。實際上，RNA本身在將遺
Nature－Methods發布新RNA測序技術
Santa Cruz公司和Rochester大學的研究人員開發了一種新的RNA測序技術。他們通過這一技術發現了許多此前未被檢測到的調控性小RNA。這一成果發表在八月三日的Nature Methods雜志上。 這個新技術可以在細胞中靈敏檢測到帶有化學修飾（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物體內
Science發表超深度線粒體RNA測序
蒙特利爾大學的一項新研究顯示，線粒體遺傳物質在個體內和個體間具有顯著的多樣性，而線粒體RNA上的修飾影響著我們每個人的身體健康。 線粒體基因組中的突變與多種疾病和生物學過程有關，然而此前人們還不了解線粒體轉錄組中的序列多樣性。這項研究通過超深度線粒體RNA測序，首次為人們展示了線粒體RNA
單核RNA測序的芯片現已上市
高通量的單核RNA測序方法——DroNc-Seq才剛剛在《Nature Methods》上發表。一轉眼，相應的芯片已經上市。Dolomite Bio公司針對DroNc-Seq推出一款新的芯片，可實現高通量的單核RNA-Seq分析。 DroNc-Seq方法在Broad研究所的張鋒（Feng
RNA測序，真的有那么準確嗎？
RNA測序是遺傳學家工具箱中的一種常用工具。利用RNA測序，研究人員能夠定量地檢測各種生物體的基因表達，從而更好地了解細胞中正在發生的事情以及特定基因的功能。由于在藥物發現、疾病診斷和基因鑒定中具有潛在作用，RNA測序的應用似乎無極限。RNA測序的準確性早在2014年，《Nature Biotech
單個循環腫瘤細胞RNA測序結果
由麻省總醫院，哈佛大學主持的一項最新研究發現了前列腺癌細胞對一種常見的癌癥治療方法產生抗性的原因，研究人員完成了前列腺癌單個循環腫瘤細胞的RNA測序，其中找到了非經典Wnt信號所起的關鍵作用。 這一研究成果公布在9月18日的Science雜志上。 Androgendeprivationthe
RNA測序發現雜交蟬遺傳證據
? 據英國《通訊·生物學》雜志近日發表的一項動物學研究，日本科學家通過RNA測序，出乎意料地發現了13年蟬與近親17年蟬雜交的遺傳證據，而這兩種蟬至少221年才相遇一次。研究顯示，雜交蟬在極其漫長時間里都維持了各自不同的生命周期，目前科學家無法就這種平行趨異演化給出遺傳學解釋。長期以來，周期蟬的生命
RNASeq和線粒體測序介紹
如今NGS已能夠快速經濟地閱讀數億個reads，所及之處遠超越基因組學（如RNA測序使轉錄組學發生革命性變化）。盡管NGS取得了諸多進步，但依然存在一些重大的挑戰。日前，牛津大學舉辦的“NGS七周年大會”聚焦了NGS面臨的挑戰，此次會議闡述了NGS領域最令人生畏的障礙，同時也闡述了跨越這些障礙的技術
RNA甲基化酶的基本信息
中文名稱RNA甲基化酶英文名稱RNA methylase定 義編號：EC 2.1.1.-。催化RNA中堿基甲基化反應的酶。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），酶（二級學科）
RNA甲基化位點分析新方法
繼上次QB期刊給大家推薦了WendyV. Gilbert教授的《關于pre-mRNA存在的修飾形式及其對剪接的影響》綜述后，小編看到讀者們的熱情度特別高。借此機會，再給大家推薦一篇來自德克薩斯大學西南醫學中心，QBRC、BICF中心主任謝陽教授實驗室在QB期刊上發表的最新關于分析MeRIP-Se
RNA甲基化整體水平鑒定的方法匯總
RNA甲基化（RNA methylation）是一類表觀遺傳修飾，在已經發現的超過100種不同的RNA化學修飾中，主要有6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine, m6A）、5-甲基胞嘧啶（C5-methylcytidine, m5C）和1-甲基腺嘌呤（N1-methylad
甲基化的基因組直接測序法
基因組直接測序法是過去一直沿用的DNA甲基化的研究方法，用Maxam—Gilbert化學裂解法對基因組DNA進行處理，并以連接介導的PCR來放大信號強度，然后進行序列分析。此法是基于5mC在標準的Maxam—Gilbert胞嘧啶化學裂解反應中不被裂解，故5mC可通過在測序膠上缺少對應于胞嘧啶降解
甲基化測序要躲哪些坑？甲基化檢測的局限性剖析
表觀組學研究滯后于基因組學是可以理解的。一方面，在分析堿基修飾或染色體活性之前，我們需要知道基因組的確切序列，即得到基因組的參考序列，在這個基礎之上基因組的表觀調控研究才能得以進行；另一方面，造成表觀組學研究發展相對緩慢的一個重要原因，是目前支撐表觀組學研究的技術手段都或多或少存在一定的局限性，限制
亞硫酸氫鹽修飾后測序法檢測甲基化——DNA甲基化
亞硫酸氫鹽修飾后測序法主要可用來檢測甲基化。基化實驗方法原理重亞硫酸鹽使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不變，用PCR擴增（引物設計時盡量避免有CpG，以免受甲基化因素的影響）所需片段，則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。最后對PCR產物進行測序，并且與未經處理的序列比較
云序生物最新“RNA－甲基化”研究匯總擬南芥篇
關于RNA甲基化修飾的研究成果在Nature，Science，Cell等高分期刊上頻頻亮相，并一次次刷新人們對生命科學的認知。擬南芥作為植物界中研究RNA甲基化修飾的先行者，許多學者將它作為研究對象，并與最新m6A、m5C RNA甲基化測序技術結合，證實到RNA甲基化廣泛存在于擬南芥各個發育期，
新型植物RNA甲基化編輯工具研發成功
記者10月6日從華中農業大學獲悉，該校棉花遺傳改良團隊開發出基于CRISPR/dCas13（Rx）的新型植物RNA甲基化編輯工具。研究成果日前發表于《先進科學》雜志。N6-甲基腺苷（m6A）是真核生物mRNA最普遍的內部修飾，可能引起mRNA配對、熱動力和折疊性能的改變，從而影響RNA的可變剪接、翻
中國學者發表RNA甲基化重要成果
基因組DNA和組蛋白上存在可逆的表觀遺傳學修飾，這些修飾可以調控基因的表達，由此決定細胞的狀態，影響細胞的分化和發育。近年來人們發現，mRNA和其他RNA也存在類似的表觀遺傳學調控，比如m6A（N6-methyladenosine）。 西北農林科技大學、中科院上海植物逆境生物學研究中心和美國普
高產學者Nature揭示RNA甲基化的新功能
MicroRNA（miRNA）是一類約22nt大小的內源RNA，在基因表達中起著重要的調控作用，參與了多種生理和病理過程。miRNA生成是一個復雜的過程，初級miRNA（pri-miRNA）需要經過細胞核和細胞質內的一系列加工才能形成成熟的miRNA。 整個流程的第一步是microproces
高產學者Nature揭示RNA甲基化的新功能
MicroRNA（miRNA）是一類約22nt大小的內源RNA，在基因表達中起著重要的調控作用，參與了多種生理和病理過程。miRNA生成是一個復雜的過程，初級miRNA（pri-miRNA）需要經過細胞核和細胞質內的一系列加工才能形成成熟的miRNA。 整個流程的第一步是microproces
中國學者發表RNA甲基化重要成果
基因組DNA和組蛋白上存在可逆的表觀遺傳學修飾，這些修飾可以調控基因的表達，由此決定細胞的狀態，影響細胞的分化和發育。近年來人們發現，mRNA和其他RNA也存在類似的表觀遺傳學調控，比如m6A（N6-methyladenosine）。 西北農林科技大學、中科院上海植物逆境生物學研究中心和美國普
擬南芥RNA核糖甲基化修飾研究方面獲進展
3月30日，中國科學院生物物理研究所研究員葉克窮課題組、北京大學現代農學院博士王玉秋和中科院遺傳與發育研究所研究員李家洋課題組合作在Nucleic Acids Research上發表了題為Profiling of RNA ribose methylation in Arabidopsis tha
RNA甲基化調控基因出核新機制
中國科學院北京基因組研究所精準基因組醫學重點實驗室及遺傳與發育協同創新中心楊運桂研究組和鄭州大學第一附屬醫院生殖與遺傳專科醫院孫瑩璞研究組、中國科學院生態環境研究中心汪海林研究組合作研究，揭示了m5C（5-甲基胞嘧啶）修飾在mRNA的分布圖譜規律及其對調控mRNA出核作用新機制。該研究成果以5-
m6A“RNA甲基化”研究匯總—癌癥篇
一個月發表30多篇10分以上的文章，到底是何方神圣？答案：RNA甲基化。今天小編先來介紹一下m6A RNA甲基化。m6A是真核細胞中mRNAs豐度最高的甲基化修飾，在包括組織發育、干細胞自我更新和分化、熱休克以及DNA損傷應答，母本合子(maternal-to-zygotic)轉化等多個重要的生物學
新型植物RNA甲基化編輯工具研發成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519898.shtm近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所聯合國內多家單位成功開發出新型植物RNA甲基化編輯工具。該研究對作物基因編輯育種有重要的潛在應用價值。相關研究成果發表在《植物生物技術》（Pla
m6A“RNA甲基化”研究匯總—病毒篇
RNA甲基化領域是當前最耀眼的國際科研明星，也是國自然申請的大熱點；究其原因，是因為最近一兩年，RNA甲基化的功能與分子機制方面取得了巨大的進展。RNA甲基化已被證實在癌癥發生發展，病毒感染，神經發育，干細胞分化等過程中發揮著關鍵作用。今天，我們承接上一期的癌癥篇，為您帶來病毒領域的RNA甲基化研究
不得了，大牛告訴你lncRNA甲基化如何研究
lncRNA分子通過海綿機制結合microRNA發揮生物學功能，這個ceRNA機制已經讓大家心生厭倦了。可大牛就是大牛，引入甲基化就能輕松的變廢為寶，竟然能讓lncRNA的ceRNA思路變得瞬間高大上發表10分以上的文章，你一定和小編我一樣很好奇他是怎么做到的。 RNA甲基化，作為最新的國
“泛轉錄組”首次用于RNA測序分析
近日發表在《自然·方法》雜志上的一篇新論文中，美國加利福尼亞大學圣克魯斯分校（UCSC）的研究人員介紹了有史以來第一種使用“泛轉錄組”分析全基因組RNA測序數據的方法。 分析一個人的基因表達需要將他的RNA圖譜映射到一個標準參照物，以深入了解基因在多大程度上“開啟”并在體內發揮功能。但當參照物不
長鏈非編碼－RNA－測序案例分析
背景：人類壽命的延長伴隨著神經退行性疾病的發病幾率的增加，因而價格不貴的血液診斷的發展迫在眉睫。通過 RNA-seq 分析血液細胞的轉錄本是發現新的生物標志物的非常高效的途徑。 目的：利用 Illumina 測序平臺對帕金森病人白血球中 lncRNAs 進行分析，探討其對 mRNA 選擇性剪接的