A．普通陰性對照
1.siRNA實驗應該有陰性對照；
2.通用陰性對照為與目的基因的序列無同源性的普通陰性對照；
3．Scrambled陰性對照和選中的siRNA序列有相同的組成，但是和mRNA沒有明顯的同源性；
4．陰性對照需要確定和目的靶細胞中其它基因同源性很低。
B．熒光標記陰性對照
1. RNAi negative control與哺乳動物基因無同源性；
2.通過標記熒光，可以方便地在熒光顯微鏡下觀察轉染情況；
3.可用于優化轉染條件和評價轉染效率；
4.具備很好的pH耐受性，在活細胞中更穩定。
C．siRNA陽性對照
陽性對照作為一個實驗系統檢查是很重要的。您可以利用陽性對照來確認RNAi實驗中轉染、RNA提取和基因表達檢測方法是可靠的。
siRNA陽性對照較為常用的如下：
1 LaminA/C
2 GFP22
3 Luciferase GL2
4 MAPK1
5 Beta-Actin
6 Vimentin
7 P53
8 GAPDH
9 Cyclophilin B
D．轉染試劑對照
對于一個完善的對照系統，轉染試劑對照(Mock transfection )是不可缺的。轉染試劑對照可以檢測轉染試劑對細胞的毒性、細胞的成活率等細胞轉染的各個因素影響。
E．避免Off-target對照
對于RNAi研究來說，在哺乳動物中，off-target效應是一個十分關注的問題。有大量的報道，一個siRNA影響多個基因的表達。因此，大量研究關注于用針對同一個基因的不同區域的多個siRNA進行實驗，然后分析各自對基因表達效果的影響。理想的結果是針對不同區域的siRNA對同一個靶基因產生相似的干擾效果。