tNAS（轉錄組新可變剪接位點的發現）
本公司采用自主研發與成熟開源軟件相結合的方式構建了專業高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質量、特征等重要信息進行圖形可視化；發現您樣品中的新可變剪接事件，揭示出的重要科學問題進行中肯分析；讓您快速“發現”所關注生物學問題，醫學問題和農業問題的答案。 我們的流程：1. Pretreatment（有效序列Reads提取）l 高通量測序質量評估，獲得測序有效讀長。l 剔除每條序列中的index序列和adaptor序列。l 獲得有效序列總數。 2. Mapping (全基因組定位)：讓您“看見”自己樣品中mRNA和ncRNA的分布狀態。l Reads mapping: total mapped, unique mapped, multipl......閱讀全文
tNAS（轉錄組新可變剪接位點的發現）
本公司采用自主研發與成熟開源軟件相結合的方式構建了專業高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質量、特征等重要信息進行圖形可視化；發現您樣品中的新可變剪接事件，揭示出的重要科學問題進行中肯分析；讓您快速“發現”所關注生物學問題，醫學問題和農業問題的答案。?我們的流程：1.???Pr
tRAS（轉錄組可變剪接調控深度分析）
本公司采用自主研發與成熟開源軟件相結合的方式構建了專業高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質量、特征等重要信息進行圖形可視化；根據對照和實驗組，系統分析您樣品中所蘊藏的可變剪接調控規律，中肯分析所揭示出的重要科學規律；讓您快速“發現”所關注的生物學，醫學和農業問題的答案。?我們
剪接位點
中文名稱剪接位點英文名稱splicing site;splice site定 義剪接體可識別的RNA前體中內含子和外顯子連接邊界的序列和接頭位點。根據位置不同可以分為供體和接納體剪接位點。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），基因表達與調控（二級學科）
關于可變剪接的基本介紹
可變剪接(alternative splicing)是指在同一個mRNA前體內部數個外顯子之間產生的差異性連接。這種剪接可以使同一個基因在不同的發育階段、不同分化狀態甚至不同生理狀態下,得到多個相似但有差異的mRNA,進而被翻譯為氨基酸序列相近似、性質和功能有差異的蛋白質。高度通用性的剪接位點G
環形RNA可變反向剪接和可變剪接表達圖譜被系統繪制
6月30日，國際學術期刊Genome Research 在線發表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所楊力研究組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組關于環形RNA研究的最新進展：Diverse alternative back-splicing and alternative spl
GUT揭示癌癥治療靶點調控RNA可變剪接的分子機制
來自浙江大學基礎醫學院，中國藥科大學等處的研究人員發表了題為“SRSF6-Regulated Alternative Splicing that Promotes Tumor Progression Offers a Therapy Target for Colorectal Cancer”的文
Nature：針對RNA轉錄和剪接的新觀點！
細胞通常產生區室來控制重要的生物功能。細胞核就是一個很好的例子；它被核膜包圍著，容納著基因組。然而，細胞還含有未被膜包圍的較為短暫存在的封閉室，就像水中的油滴。在過去兩年中，這些稱為液滴狀“凝聚物（condensates）”的封閉室已越來越多地被認為是控制基因的主要參與者。如今，在一項新的研究中
新研究揭示可變剪接調控光形態建成的分子機制
太陽光不僅是植物光合作用的能量來源，也是一種重要的環境信號，調節植物的生長發育進程。其中幼苗光形態建成受光質、光量的精確調控，涉及不同的光受體和一系列信號調控因子。COP1是光形態建成的一個明星蛋白，它作為一種E3泛素連接酶，與目標蛋白互作并促進其降解，COP1在植物和動物中廣泛存在。真核生物
精確轉錄因子結合位點繪圖
“掌握轉錄因子活動控制高等生物發育的基本原理非常有用，”紐約大學生物學系教授Stephen Small說。“更具體地講，這項機理的發現為由于轉錄因子受到干擾的突變基因導致胚胎發育深層破壞和一系列疾病提供了一個潛在的治療途徑。” 這項研究發表于《Genes & Development》，參與研究
如何尋找轉錄起始位點
一、引物延伸分析（primer extension analysis） 引物延伸分析用于定量mRNA的量，測定低豐度的mRNA的種類。另外引物延伸實驗可標定轉錄產物的5`-端， 確定轉錄的精確起始。特異的末端標記的引物退火到RNA鏈的互補區域，隨后用RNA作為模板，用反轉錄酶延伸引物得到cDNA，
轉錄因子定義和結合位點
定義人類金屬巰基因調節區轉錄因子(transcription factor)是一群能與基因5`端上游特定序列專一性結合，從而保證目的基因以特定的強度在特定的時間與空間表達的蛋白質分子。結合位點轉錄因子的結合位點（transcription factor binding site，TFBS）是轉錄因子
如何尋找轉錄起始位點？
一、引物延伸分析（primer extension analysis）引物延伸分析用于定量mRNA的量，測定低豐度的mRNA的種類。另外引物延伸實驗可標定轉錄產物的5`-端， 確定轉錄的精確起始。特異的末端標記的引物退火到RNA鏈的互補區域，隨后用RNA作為模板，用反轉錄酶延伸引物得到cDNA，用變
調控玉米性狀－可變剪接“火”起來
最近，中國農業大學國家玉米改良中心田豐教授團隊與楊小紅教授團隊合作研究，以368份玉米自交系未成熟籽粒為實驗材料，定位玉米種全基因組水平QTL(數量性狀位點），全面解析了其可變剪接的調控機制，并為研究表型變異提供了重要線索。相關論文近日發表在《植物細胞》雜志上。 可變剪接，這個早在上世紀就
調控玉米性狀－可變剪接“火”起來
可變剪接，這個早在上世紀就被提出的概念，在近幾年的研究中，又“火”了起來。科學家們發現，可變剪接不僅豐富蛋白質組多樣性，還在生物體內起著重要的調控作用。 可變剪接是什么？這項研究有了什么新發現？是怎樣得出來的？實驗中的難點是什么？對之后的研究有怎樣的借鑒意義？科技日報就此采訪了該研究團隊。
轉錄因子的結合位點的相關介紹
轉錄因子的結合位點（transcription factor binding site，TFBS）是轉錄因子調節基因表達時，與基因模板鏈結合的區域。按照常識，轉錄因子（transcription factor）的結合位點一般應該分布在基因的前端，但是，新的研究發現，人21和22號染色體上，只有2
上海生科院科研人員研發了－premRNA可變剪接分析軟件CASH
4 月 6 日，國際著名生物信息學期刊 Briefings in Bioinformatics 在線發表了中國科學院上海生命科學研究院（人口健康領域）馮英組和浙江農林大學吳文武博士，上海列冰生物科技有限公司宗杰博士的最新研究進展“CASH： a constructing comprehensiv
GWAS薈萃分析發現新的乳腺癌風險位點
由劍橋大學研究人員領導的國際研究小組通過全基因組關聯研究（GWAS）的薈萃分析，發現了15個與乳腺癌風險有明顯關聯的新位點。這項成果于3月9日在線發表于《Nature Genetics》雜志上。 這個團隊匯集了超過10萬名婦女（包含病例和對照）的數據，其中幾萬個樣本已通過定制的iCOGS芯片進
北京基因組所等發現八個人類頭發曲直相關新位點
人類頭發形狀是一種高度遺傳的表型。作為人類最明顯的外部可見特征之一，頭發形狀在不同的大陸之間表現出顯著的多樣性。圖片來源于網絡 中國科學院北京基因組研究所劉凡研究組、荷蘭伊拉斯姆斯大學，聯合其他國家的研究人員，合作進行一項基于大樣本的人類頭發曲直的全基因組研究。科研人員通過問卷和專家評估相結合
乳腺癌全轉錄組關聯分析發現新的風險基因
美國范德堡大學和澳大利亞昆士蘭醫學研究所（QIMR Berghofer）領導的研究團隊利用全轉錄組關聯分析方法，找到與乳腺癌存在明顯關聯的48個基因。這項成果于6月18日發表在《Nature Genetics》上。 研究人員利用近12.3萬名乳腺癌患者和近10.6萬名對照的遺傳預測基因表達譜
METTL16介導通過阻礙對剪接位點的識別從而抑制RNA剪接
RNA m6A修飾是目前RNA表觀遺傳領域研究的熱點，對于m6A的甲基化酶和去甲基化酶，相信大家也是耳熟能詳。事實上，大名鼎鼎的METTL3僅能結合約22%的m6A位點，這提示還有其他m6A甲基化酶。確實，在METTL3之后，METTL16也被鑒定為m6A甲基化酶，但是它的底物遠不如METTL3
督查組兩天發現241個環境問題點位
11月5日，28個督查組對照任務清單的469家企業（單位）的526個具體任務點位進行了現場核實，發現其中85家企業（單位）的102個點位存在環境問題。存在問題的點位中，重污染天氣應急響應方面的33個，工業企業未落實無組織整治要求的29個，施工工地揚塵管理方面的12個，非工業污染問題的10個，未安
楊力受邀發表MolecularCell綜述解析可變剪接
中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所楊力研究組受邀在《分子細胞》（Molecular Cell）發表了題為RNA structure switches RBP binding 的專評文章，對該刊同期發表的一項題為RNA sequence context effects measured in
《科學》：深度測序帶來人類轉錄組“空前”全貌
德國科學家最近利用下一代測序技術和分析方法，得到了對于人類轉錄組（transcriptome）的嶄新認識。相關論文7月3日在線發表于《科學》雜志。?到目前為止，人類轉錄組的功能復雜性尚未完全闡明。在最新研究中，通過對源自人類兩大細胞系——胚腎和B細胞系的轉錄子（本）進行“鳥槍法測序”（shotgun
科學家發現造血干細胞發育新位點
近日，軍事醫學科學院附屬醫院（解放軍307醫院）劉兵課題組和軍事醫學科學院生物工程研究所楊曉課題組通過合作，發現小鼠胚胎頭部是造血干細胞發育的新位點。相關研究成果于11月2日以研究論文形式發表于國際期刊《細胞—干細胞》，論文第一作者為博士生李專和副研究員蘭雨。 造血干細胞的
染色質高級結構變化調控細胞凋亡的新機制
真核生物DNA通過纏繞組蛋白八聚體形成以核小體為重復單元的串珠結構，再通過形成遠距離的染色質環等高級結構而存儲于細胞核中。近年來研究表明染色質高級結構在維持基因表達和細胞命運決定等方面發揮重要作用，且染色質高級結構的形成和維持需要特定轉錄因子的介導。多功能轉錄因子CCCTC結合因子（簡稱：CTC
分子遺傳學詞匯轉錄起始位點
與新生RNA鏈第一個核苷酸相對應的DNA鏈上的堿基轉錄的起點是指與新生RNA鏈第一個核苷酸相對應的DNA鏈上的堿基，研究表明通常為一個嘌呤（A 或G），即5’UTR的上游第一個堿基。
趙方慶團隊提出環形RNA轉錄本重建和定量新方法
在以往的研究中，環形RNA的識別方法主要是利用環形RNA特有結構——反向剪接序列特征進行識別。然而，由于二代測序的讀長普遍較短，研究者們雖然可以獲得大量的反向剪接位點，卻無法高通量獲得環形RNA的完整內部結構信息，也無法對不同可變剪接產物進行精確定量。 2018年1月19日，Genome Me
研究揭示RNA兩步漸進式加工新模式
哺乳動物中超過70%的蛋白編碼基因具有多個polyA位點，不同polyA位點的選擇被稱為可變多聚腺苷酸化（APA）。APA過程的失調與很多疾病相關聯。現有理論認為，APA發生過程中近端polyA位點和遠端polyA位點的加工都是共轉錄發生的，二者相互獨立。近日，武漢大學生命科學學院、病毒學國家重點實
遺傳發育所在大豆可變剪接研究中取得進展
作為一種重要的基因轉錄后調控機制，可變剪接在真核生物中普遍發生，在基因表達和功能多樣性調控中起著重要的作用。不同物種、同一物種的不同組織以及不同基因家族的可變剪接在形式和比例上都存在差異，然而，決定這些差異的因素還尚不為人知。 中國科學院遺傳與發育生物學研究所田志喜課題組通過對來自大豆不同
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本重建和定量新方法
國際學術期刊Genome Medicine 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。該研