美國最大生物銀行初具規模
美國將建成最大基因生物銀行 在近期舉行的美國人類遺傳協會（ASHG）年會上，研究人員整合了他們收藏的加利福尼亞州北部10萬人的基因和醫學數據，并發布了初始研究成果。這將幫助建成美國規模最大的“生物銀行”。 《科學》雜志相關報道稱，科學家的這些努力工作已經揭示了死亡數和染色體終端的有趣聯系，并發現了遺傳性變型和疾病特性的新關聯。“這只是開始。”來自凱薩醫療機構——KP，一個大型保健組織——的“銀行”管理者們指出。 生物銀行計劃是以收集大范圍人群的醫學和DNA數據，尋找疾病、生活方式、性格和基因之間的聯系為目標的諸多計劃之一。十多年前，冰島DeCODE Genetics公司開創了生物銀行的先河，目前，它已經擁有14萬年冰島人的相關數據。并且，英國生物銀行已經登記了約50萬人的數據，雖然還沒有檢測他們的DNA，但是，這將有望成為世界上最大的生物銀行。 目前，美國幾個較大的生物銀行正在建設中，例如，KP的......閱讀全文
研究人員建立衰老生物學多組學數據庫
隨著人口老齡化程度加劇，實現健康老齡化是亟待解決的社會問題和科學問題。近年來，隨著衰老相關研究成果的不斷增多和高通量測序技術的日益發展，衰老相關多組學數據層出疊見。然而，目前尚缺乏綜合性的整合衰老生物學多組學數據的數據資源庫。 中國科學院動物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組，與北京基因組研究所（
科學家構建首個油菜基因轉錄數據庫
近日，中國農業科學院油料作物研究所油料作物基因組學與抗病性改良創新團隊破譯了油菜基因組的全轉錄信息密碼，構建了油菜十萬余個基因的轉錄全景圖，使得油菜基因功能研究第一次有了標準的可參考的基因轉錄數據庫，將有力支撐油菜功能基因的相關研究。該項研究成果在線發表在《植物學報（The Plant Jour
科學家打造“食物周期表”數據庫
人類攝入的植物和動物超過3萬種。但在大多數情況下，人們對它們的成分知之甚少。研究人員只徹底分析了幾百種最常見食物的分子成分，這讓人們的營養知識留有巨大空白。中國種植的紅藜麥。圖片來源：STR/AFP VIA GETTY IMAGES據《科學》報道，上周，食品科學家和活動人士啟動了一個旨在縮小這一知識
科學家搭建草莓基因組數據庫
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓為薔薇科草莓屬，因芳香多汁、營養豐富受到喜愛，在全國各地均可種植。栽培草莓為異源多倍體，基因組復雜，雜合度高。 2019年，《自然—遺傳學》發表了利用三代測序數據組裝的高
科學家構建出中國種子性狀數據庫
植物性狀是表征環境適應策略與資源分配模式的關鍵指標，為理解物種分布、群落構建及生態系統功能提供了重要基礎。近年來，全球及區域尺度的植物性狀數據庫不斷完善，推動了宏觀生態學、功能生態學及生物多樣性保護等領域的發展。然而，現有數據庫主要聚焦于葉片等生長器官，種子、果實等繁殖器官的記錄相對不足，形成顯著的
研究人員發布全基因組單核苷酸變異數據庫
10月22日，國際學術期刊Genome Biology 以PGG.SNV： understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse popul
科學家倡議共建全球人類表型組數據庫
北京時間12月13日，國際人類表型組研究協作組（IHPC）第四次理事會在線召開。來自14個國家30余位協作組理事和多位表型組學領域的一流科學家出席了此次會議，就下一步加快推進人類表型組國際大科學的重要事項展開國際協商和深入探討。人類表型組國際大科學計劃持續推進 當天的理事會上，美國醫學科學院院士
科學家倡議共建全球人類表型組數據庫
北京時間12月13日，國際人類表型組研究協作組（IHPC）第四次理事會在線召開。來自14個國家30余位協作組理事和多位表型組學領域的一流科學家出席了此次會議，就下一步加快推進人類表型組國際大科學的重要事項展開國際協商和深入探討。 人類表型組國際大科學計劃持續推進 當天的理事會上，美國醫學科學
科學家開發出細胞外囊泡數據庫
近日，中國科學院動物研究所、城市環境研究所開展多學科數據交叉合作，共建細胞外囊泡數據庫。相關成果以EV-COMM: A database of interspecies and intercellular interactions mediated by extracellular vesicl
科學家呼吁關注全球基因組數據庫污染
樣品處理有可能是導致DNA數據庫廣泛污染的最主要原因 2月16日發表在《公共科學圖書館·綜合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究報告稱康涅狄格大學的遺傳學家Mark Longo及同事發現由頂級公共測序機構提供的測序結果構建的基因組數據庫中的大約1/5的細菌、植物和非靈長類動物基因
中國科學家建立全球首個冰川微生物數據庫
青藏高原被稱為世界“第三極”和“亞洲水塔”。除南北極外，它是全球最大的冰川分布區，現有冰川2萬條以上，面積超過2萬平方公里，也是我國及亞洲20億人賴以生存的十多條大江大河的源頭。青藏高原冰川是微生物的天然存儲器，封存了不同歷史時期的微生物。 現在，中國科學家構建的全球首個青藏高原冰川微生物
科學家建立了全球最大的地震誘發滑坡數據庫
近日，成都理工大學教授范宣梅團隊在全球地震誘發地質災害智能預測方面取得重要進展，相關成果于5月9日發表在《國家科學評論》。 這項研究基于過去50年來38次強震誘發的40余萬處滑坡，建立了目前全球最大的地震誘發滑坡數據庫，結合深度學習算法研發了智能預測模型，能夠實現一分鐘內預測全球任何地震誘發滑
中國科學家建立全球首個冰川微生物數據庫
青藏高原被稱為世界“第三極”和“亞洲水塔”。除南北極外，它是全球最大的冰川分布區，現有冰川2萬條以上，面積超過2萬平方公里，也是我國及亞洲20億人賴以生存的十多條大江大河的源頭。青藏高原冰川是微生物的天然存儲器，封存了不同歷史時期的微生物。 現在，中國科學家構建的
科學家合作構建再生生物學多組學數據庫
隨著細胞重編程、基因編輯、合成生物學、高通量測序等技術的快速發展，再生生物學進入前所未有的蓬勃發展時期，助力解決組織替代、功能修復、衰老干預、疾病治療等一系列生命醫學領域的重要科學難題。面對科學數據的爆炸式增長，亟需建立以再生生物學為核心的開放數據庫，以存儲世界范圍內的組學研究數據為基礎，推動再
中國科學家構建首個創傷后應激障礙遺傳學數據庫
創傷后應激障礙(Posttraumatic stress disorder，PTSD)發生在創傷事件暴露后，是具有復雜病因的綜合征。美國2013年公布的第五版《精神障礙診斷與統計手冊》中，PTSD已從“焦慮障礙”組移到新的分組“創傷和應激相關障礙”中。經歷創傷事件是罹患PTSD的必要條件之一，關
科學家得到詳細的惡性膠質細胞瘤細胞基因組數據庫
科學家啟動了腫瘤基因組圖譜計劃(The Cancer Genome Atlas，TCGA)，打算分析所有組織的腫瘤細胞的基因組。腦組織腫瘤是科學家的第一個目標，因為其挑戰性大回報也最大。 TCGA收集了多形性成膠質細胞瘤(glioblastoma multiforme，GBM)的組
英、中等國科學家將建耐藥結核桿菌基因數據庫
英國牛津大學２４日發布消息說，該校將與中國等國的研究人員合作，對來自世界多個地區的結核桿菌樣本展開全基因組測序，建立耐藥結核桿菌的基因數據庫，以便提高對耐多藥結核病的診斷和用藥效率。 病菌的耐藥性問題近年來日漸嚴峻，耐藥結核病更呈迅猛上升趨勢。據世界衛生組織介紹，耐多藥結核病是耐藥結
科學家開發完成水稻多組學數據整合和信息共享數據庫
水稻不僅是世界近一半人口的主要糧食作物，同時也是一種重要的模式生物。高通量測序技術的迅速發展促進了水稻組學數據的廣泛積累，使深入研究控制水稻重要農藝性狀、種質資源多樣性以及水稻馴化過程的機制成為可能。為此，研究人員構建了相關的水稻數據庫，主要包括RAP-DB（日本農業生物資源研究所構建的水稻注釋
科學家構建迄今最大規模開放式核磁共振數據庫
中國科學院上海藥物研究所研究員鄭明月團隊開發了一種由大型語言模型驅動的NMR數據提取工具NMRExtractor，能夠從海量開放獲取的文獻中自動提取實驗性核磁共振（NMR）數據，并構建出了迄今為止規模最大的開放式NMR數據庫NMRBank。5月28日，相關研究發表于《化學科學》。NMR光譜是化學研究
科學家發表非編碼RNA相互作用數據庫NPInter－v4.0
非編碼RNA對生物分子的調控作用，一直是RNA功能研究的前沿。在以往的研究中，非編碼RNA被發現可以和蛋白質、RNA以及基因組相互作用，調控復雜生物過程。比如經典的長非編碼RNA Xist可以和X染色體相互作用并影響劑量補償效應。理解非編碼RNA和生物分子的相互作用對于研究非編碼RNA的功能以及
期刊數據庫更新
圖片來源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影響因子多年來備受批評，認為其扭曲了學術出版。近日，美國賓夕法尼亞州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用報告（JCR）數據庫的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受眾的背景信息。 影響因子代表期刊文章的引用次數，除以其兩年間發表
期刊數據庫更新
圖片來源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影響因子多年來備受批評，認為其扭曲了學術出版。近日，美國賓夕法尼亞州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用報告（JCR）數據庫的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受眾的背景信息。 影響因子代表期刊文章的引用次數，除以其兩年間發表的文章數量，
GenBank數據庫概述（二）
FTP GenBank and Daily Updates：1. GenBank普通文件格式 — 參見GenBank記錄樣本和在GenBank公布通知中的詳細描述，下載大多數最近的完全公告和日常積累或非積累更新數據。 2. ASN.1格式 — 摘要句法記號1，國際標準組織（ISO）數據表示格式，下載
GenBank數據庫概述（一）
1. GenBank屬于一個序列數據庫的國際合作組織，包括EMBL和DDBJ。是NIH遺傳序列數據庫，一個所有可以公開獲得的DNA序列的注釋過的收集。GenBank同日本和歐洲分子生物學實驗室的DNA數據庫共同構成了國際核酸序列數據庫合作。唯一人類基因序列集合（UniGene），人類基因組基因圖
GenBank數據庫概述（三）
結構： 1、 結構主頁 — 關于NCBI結構小組的一般信息和他們的研究計劃，另外也可以訪問分子模型數據庫（MMDB）和用來搜索和顯示結構的相關工具。 2、 MMDB：分子模型數據庫 — 一個關于三維生物分子結構的數據庫，結構來自于X-ray晶體衍射和NMR色譜分析。MMDB是來源于Brook
核酸數據庫的概念
中文名稱核酸數據庫英文名稱nucleic acid data bank定 義DNA、RNA序列的資料庫，主要包括已知序列名稱、DNA或RNA全序列及其特性，如啟動區、起始和終止密碼的位置、編碼區、限制酶切位點以及推導的翻譯產物蛋白質序列等。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），方法與技術（二級
GenBank數據庫概述（四）
NCBI站點地圖---其他基因組數據介紹：1、 小鼠基因組 1) 小鼠基因組資源向導 ：把從各個中心來的各種小鼠相關的資源整合在一起，包括序列，圖譜，和克隆信息以及指向小鼠種系和突變資源的指針。 2) 小鼠基因組測序：小鼠基因組計劃的測序進展，HTG序列contigs（可以用大小和染色體號來瀏覽）由
科學家開發出集合人類血液中化合物的可視化數據庫！
日前，一項刊登在國際雜志Nucleic Acids Research上的研究報告中，來自日本東北大學的研究人員通過收集5000名志愿者的血液樣本，開發出了集合血液代謝物的數據庫，目前該數據庫將免費提供給全世界的研究人員。 代謝產物和蛋白質能夠控制機體內部多個生理學過程，同時還能闡明細胞和其周圍
6對研究人員獲中科院青年科學家國際合作獎
8月30日，中科院舉行青年科學家國際合作獎頒獎儀式暨外國專家座談會。中科院蘇州納米所徐科和俄羅斯南烏拉爾國立大學Dimitrii Zherebtcov、中科院物理所徐紅星和瑞典隆德大學博士Ulf Hakanson、北京基因組研究所楊運桂和丹麥哥本哈根大學博士Jannie M.R Dani
6對研究人員獲中科院青年科學家國際合作獎
8月30日，中科院舉行青年科學家國際合作獎頒獎儀式暨外國專家座談會。中科院蘇州納米所徐科和俄羅斯南烏拉爾國立大學Dimitrii Zherebtcov、中科院物理所徐紅星和瑞典隆德大學博士Ulf Hakanson、北京基因組研究所楊運桂和丹麥哥本哈根大學博士Jannie M.R Dani