跨學科合作將成為解碼植物表觀轉錄組的加速器
近日，中國熱帶農業科學院熱帶生物技術研究所教授呂培濤在《生物技術通報（英文）》（aBIOTECH）發表了綜述論文。文章系統闡述了RNA修飾在植物生命活動中的調控作用，深入解析了N6—甲基腺苷（m6A）等修飾對植物發育及果實成熟的分子機制。 真核生物RNA上存在170多種化學修飾，形成動態可逆的“表觀轉錄組密碼”。這些修飾通過“寫入酶”（writer）、“擦除酶”（eraser）和“識別蛋白”（reader）精確調控RNA代謝全過程。在哺乳動物中，RNA修飾已被證實參與調控胚胎發育、免疫系統發育以及疾病和腫瘤進展等多個重要生物學過程。然而，與動物領域相比，植物RNA修飾研究仍處于起步階段，其分子機制和生物學功能亟待系統解析。深入探究植物RNA修飾調控網絡，不僅有助于完善基因表達調控理論，更能為作物品質改良和精準育種提供全新靶點。 真核生物RNA上的化學修飾通過動態調控RNA的穩定性、剪切、運輸及翻譯效率，精準參與植物生長發......閱讀全文
植物所揭示萊茵衣藻m6A表觀轉錄組圖譜
m6A是廣泛存在于真核生物mRNA中的表觀修飾，與RNA命運相關。近年來，m6A修飾在植物胚胎發育、莖尖分生組織的命運決定、表皮毛發生、根部發育、葉形態發生、開花轉變、脅迫響應、果實成熟及孢子發生等多個生物學過程中發揮重要功能。然而，m6A在藻類中的功能尚不清楚。藻類包含從單細胞到多細胞的多種細
Gotham成立－表觀轉錄組學進入轉化階段
10月11日，紐約的Gotham Therapeutics獲得5400萬美元A輪投資，正式掛牌成立。Gotham的技術平臺是表觀轉錄組學（epitranscriptomics）、即調控RNA的化學修飾。Gotham主要關注一種叫做m6A(6-甲基腺苷)的常見mRNA修飾，這個修飾在RNA代謝中起
Nature－Aging:揭示調控靈長類器官衰老的表觀轉錄組機制
m6A是目前已知的真核細胞mRNA上最常見的一類化學修飾，其建立、讀取和擦除分別受到相應甲基化酶（writer）、結合蛋白（reader）以及去甲基化酶（eraser）的動態可逆調控。研究表明，m6A能夠通過調節mRNA的剪接、出核、穩定性以及翻譯等生命周期活動，參與調控機體的諸多生理或病理進程，包
基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展
2014年1月，中國科學院北京基因組研究所基因組變異與精準生物醫學實驗室“百人計劃”研究員楊運桂研究組，與中國科學院動物研究所“百人計劃”研究員劉峰研究組合作開展的“m6A甲基轉移酶復合物鑒定”研究，發現了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
突破性單細胞表觀基因組與轉錄組分析新技術
由英國及比利時的研究人員開發出的一種新方法，使得在單細胞中同時研究表觀基因組及轉錄組成為可能。發布在《自然方法》（Nature Methods）上的實驗方案，可幫助科學家們精確描繪出DNA甲基化改變與基因表達之間的關系。 近年來單細胞測序技術發展迅速，被廣泛用于研究細胞間的基因表達譜（轉錄組）
揭示腸道細菌調控表觀轉錄組修飾促進結直腸癌轉移機制
結直腸癌是常見惡性腫瘤之一，是全世界發病人數第三、死亡人數第二的惡性腫瘤。結直腸癌在我國同樣不容樂觀。盡管結直腸癌的治療手段不斷發展，但晚期轉移性結直腸癌患者的預后生存仍然不理想，我們需要對結直腸癌的轉移機制有更深刻的認識。 近年來，隨著宏基因組測序等研究手段的不斷進展，人們發現腸道菌群能廣泛
Nature：RNA－修飾研究有助表觀轉錄組學進一步發展
這是一個與 mRNA 結合的細菌核糖體的分子模式圖，該核酸蛋白復合體正在合成蛋白質。 隨著科研人員逐漸揭開 RNA 修飾的奧秘，幫助我們了解表觀轉錄組學（epitranscriptomics）的工具也變得越來越多了。 2004 年，以色列特拉維夫大學（Tel Aviv University
轉錄組測序和全轉錄組測序的區別
全轉錄組廣義上是指細胞在特定狀態下所能轉錄出來的?所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA?。借助高通量測序技術，可以全面獲取樣本中轉錄產物信息，結合競爭性內源RNA ( ceRNA)機制， 進行聯合分析，深入挖掘轉錄水平調控網絡。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有
植物葉綠體基因組可以全部轉錄的新機制
葉綠體是地球上綠色植物把光能轉化為化學能、供給地球上的其它生物能量來源的重要細胞器，對葉綠體的功能和葉綠體基因組轉錄機制的研究一直以來是全球細胞生物學家、遺傳學家和分子生物學家孜孜以求的研究熱點。中國科學院昆明植物研究所研究員高立志帶領的研究團隊，歷時五年，通過對三種高等植物（水稻、玉米和擬南芥
轉錄組測序原理
而轉錄組測序即是利用高通量測序技術，將細胞或組織中的全部或部分mRNA, miRNA, lnc RNA 進行測序分析的技術。通過RNA-seq，也就是轉錄組測序，可以幫助我們了解各種比較條件下所有基因的表達差異包括：正常組織與腫瘤組織；藥物治療前后的表達差異；發育過程中，不同發育階段，不同組織的表達
甲基化與lncRNA：表觀遺傳學與轉錄組學研究的完美結合
2017年國自然申請的熱點什么？circRNA，lncRNA，外泌體。除了這些大家耳熟能詳的香饃饃之外，現在很多小伙伴們開始了新的玩法，通過多平臺聯用，將不同層面的東西結合起來，比如，表觀遺傳與非編碼RNA的結合，就是一個很好的例證。 研究背景 肺癌是一種常見的惡性腫瘤，特別在中國，
甲基化與lncRNA：表觀遺傳學與轉錄組學研究的完美結合
2017年國自然申請的熱點什么？circRNA，lncRNA，外泌體。除了這些大家耳熟能詳的香饃饃之外，現在很多小伙伴們開始了新的玩法，通過多平臺聯用，將不同層面的東西結合起來，比如，表觀遺傳與非編碼RNA的結合，就是一個很好的例證。研究背景肺癌是一種常見的惡性腫瘤，特別在中國，由于環境的污染，肺癌
表觀基因組的概念
中文名稱表觀基因組英文名稱epigenome定 義全基因組的甲基化圖譜。應用學科遺傳學（一級學科），基因組學（二級學科）
轉錄物組的定義
轉錄組也稱“轉錄物組”。是一個基因組轉錄的所有RNA。
轉錄物組的定義
轉錄組也稱“轉錄物組”。是一個基因組轉錄的所有RNA。
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
轉錄組測序流程步驟
以真核轉錄組測序為例，實驗流程為總RNA提取-mRNA分離-建庫試劑-定量-文庫回收-橋式擴增-上機測序；項目分析流程為數據產出數據=數據去雜-轉錄組拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注釋-基因表達差異分析-差異基因表達模式聚類-差異基因富集分析。
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titanium第二代
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
研究發現植物葉綠體基因組可以全部轉錄的新機制
葉綠體是地球上綠色植物把光能轉化為化學能、供給地球上的其它生物能量來源的重要細胞器，對葉綠體的功能和葉綠體基因組轉錄機制的研究一直以來是全球細胞生物學家、遺傳學家和分子生物學家孜孜以求的研究熱點。中國科學院昆明植物研究所研究員高立志帶領的研究團隊，歷時五年，通過對三種高等植物（水稻、玉米和擬南芥
植物所在大豆種子大小馴化轉錄組進化研究中取得進展
栽培大豆（Glycine max）是由其近緣種野大豆（Glycine soja）馴化而來。栽培大豆和野大豆果實發育過程中基因的差異表達可能影響種子大小，參與大豆種子的馴化。然而，大豆馴化的遺傳變異基礎尚不清楚。 中國科學院植物研究所賀超英研究組針對大豆種子大小馴化開展了轉錄組比較研究。研究人員
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
表觀遺傳學開關控制基因節律性轉錄
當夜晚降臨，我們就會慢慢入睡，這是受晝夜節律circadian cycle影響的結果，我們的每個器官甚至基因中都存在這樣的節律。 Salk研究所的科學家發現，表觀遺傳學修飾是使肝臟活性與晝夜節律同步的遺傳學開關。這一發現能夠幫助人們進一步了解高血糖、高膽固醇等健康威脅背后的機制，文章于近期
轉錄組測序與轉錄表達譜測序的異同
轉錄組測序可以得到特定條件下所有mRNA轉錄本的豐度信息，從而發現新的轉錄本和可變剪接體基因表達譜(gene expression profile)：指通過構建處于某一特定狀態下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫,大規模cDNA測序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成,從而描繪該特
轉錄物組學的定義
中文名稱轉錄物組學英文名稱transcriptomics定 義研究基因組轉錄產生的全部轉錄物的種類、結構和功能的學科。應用學科遺傳學（一級學科），總論（二級學科）
轉錄物組學的定義
中文名稱轉錄物組學英文名稱transcriptomics定 義研究基因組轉錄產生的全部轉錄物的種類、結構和功能的學科。應用學科遺傳學（一級學科），總論（二級學科）
全轉錄組測序文章
研究背景? ? ?? 長鏈非編碼RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被認為是一類不能編碼蛋白的長鏈RNA。由于其序列較長，所以可以有較大的潛力形成多種復雜構象，從而通過不同生物學途徑發揮其作用。此外，由于其不具備蛋白編碼能力，因此此類RNA也主要由其堿基序列形成的高級
全基因組及轉錄組測序案例分析
案例：應用全基因組測序和 RNA 測序來描繪常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）的基因圖譜 背景：常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）是機體免疫應答反應中不能產生抗體的最主要原因。CVIDs 變異度很高，大概 5% 的病人是由基因改變引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
不容忽視的表觀基因組
肥胖有可能不僅寫在基因之中，也寫在基因之上。迄今為止最大型的一項探討人類表觀基因組(epigenome)的研究發現，某些表觀遺傳標記與身體質量指數(body mass index,BMI)相關。 科學家們報告稱在2500多人的血液和脂肪細胞發現與新陳代謝相關的一個基因發生了化學改變。這